Тогда соединившимися силами возобновили борьбу владыка Геннадій и пр. Іосифъ. Они вдвоемъ, несмотря на силу еретиковъ при дворѣ и еретика митр. Зосиму, съ твердостью возстали противъ ереси. Преп. Іосифъ поспѣшилъ написать первоначальную исторію еретиковъ до 1492 г., и по временамъ выступалъ со строгими обличеніями. Онъ умолялъ друга юности своей, уважаемаго пастыря суздальскаго,
Оставался сильный дьякъ Ѳеодоръ Курицынъ. На сторонѣ еретиковъ продолжала быть кн. Елена, сынъ которой, Димитрій, какъ разъ въ это время былъ объявленъ наслѣдникомъ престола. Дѣйствуя противъ еретиковъ, свв. Геннадій и Іосифъ примкнули къ противной придворной партіи, поддерживавшей вел. княгиню Софію и ея сына Василія. Когда эта партія побѣдила, пр. Іосифъ получилъ доступъ ко двору. Онъ явился лично къ государю и просилъ сдѣлать новое слѣдствіе объ еретикахъ.
Въ 1504 г. послѣдовало увольненіе свят. Геннадія, о чемъ упоминалось выше. Пр. Іосифъ рвеніе свое не ослаблялъ.
Голубинскій пишетъ: “Казни 1504-го года положили конецъ существованію секты Жидовствующихъ, какъ таковой. Большее или меньшее количество отдѣльныхъ еретиковъ успѣло спастись, и эти спасшіеся отъ смерти и отъ заточенія, глубоко затаившись, поодиночно или въ маленькихъ тѣсныхъ кружкахъ продолжали хранить ересь и находить преемниковъ себѣ въ ея храненіи; но секта, какъ секта, прекратила свое существованіе. Вмѣстѣ съ остатками самой ереси въ ея подлинномъ видѣ сохранились остатки и того христіанскаго вольномыслія, которое было ею произведено ...”.
Разно понимается существо ереси. Преп. Іосифъ прямо и ясно говоритъ, что ересь, будучи собственно не ересью, а совершеннымъ отступленіемъ отъ христіанства, “отступничествомъ”, представляла изъ себя жидовство или іудейство, — іудейскую вѣру, принимавшуюся вмѣсто христіанства, которое было отвергаемо какъ ложь. Нѣкоторые изслѣдователи считали, что ересь, не бывъ чистымъ жидовствомъ, представляла изъ себя смѣсь жидовства съ христіанскимъ раціонализмомъ. Митр. Макарій признаетъ ее чистымъ жидовствомъ или іудействомъ. Къ его мнѣнію присоединяется Голубинскій. Вмѣстѣ съ тѣмъ, послѣдній считаетъ, что успѣхъ Схаріи объясняется знаніемъ имъ чародѣйства, чернокнижія и звѣздозаконія или астрологіи. Тайныя науки и еврейская каббала и помогли Схаріи привлечь двухъ первыхъ священниковъ, желавшихъ познать ихъ. Онъ могъ представить имъ, что посвященіе въ эти науки возможно только подъ условіемъ принятія жидовства. Астрологомъ былъ Ѳеодоръ Курицынъ; астрологія, какъ упоминалось, интересовала и Іоанна III, потомъ каявшагося преп. Іосифу въ невольномъ попустительствѣ ереси.