Графъ Николай Александровичъ Протасовъ состоялъ на военной службѣ до 1834 г., послѣ чего занималъ должности по министерству народнаго просвѣщенія, исправлялъ обязанности товарища министра и завѣдующаго бѣлорусскимъ округомъ. Незадолго до своего назначенія онъ исполнялъ временно обязанности государственной власти въ церковномъ управленіи. Какъ отмѣчаетъ Благовидовъ, назначеніе его встрѣчено было въ духовномъ мірѣ съ большою радостью и наилучшими ожиданіями; приводитъ онъ соотвѣтствующія выдержки изъ писемъ митрополита Филарета московскаго, архіеп. Антонія (Смирницкаго) воронежскаго, архіеп. Игнатія (Семенова) олонецкаго, и др. Вступивъ въ исполненіе своихъ обязанностей Протасовъ, сталъ въ отношеніи Сѵнода проводить политику Нечаева, но еще съ большей настойчивостью. Въ 1839 г. Протасовъ получилъ позволеніе поднести на Высочайшее утвержденіе составленные имъ проекты: 1) указа св. Сѵноду объ упраздненіи комиссіи духовныхъ училищъ, 2) положеніе о духовно-учебномъ управленіи при св. Сѵнодѣ, 3) положеніе о хозяйственномъ управленіи при св. Сѵнодѣ и 4) указа Сенату о соединеніи отдѣленія духовныхъ дѣлъ православнаго и греко-уніатскаго исповѣданій съ канцеляріей оберъ-прокурора. Благовидовъ пишетъ, что утвержденіе государемъ этихъ проектовъ упрочило за оберъ-прокуратурой преобладающее вліяніе на всю систему церковнаго управленія, создавъ для оберъ-прокурора положеніе фактическаго
Отдѣльные члены Сѵнода не всегда соглашались съ мнѣніемъ Протасова. Благовидовъ приводитъ такіе случаи. Митр. московскій Филаретъ сумѣлъ настоять на недопущеніи въ духовныхъ учрежденіяхъ учебнаго руководства герменевтики, составленнаго ректоромъ петербургской духовной академіи Аѳанасіемъ, соотвѣтственно взглядамъ Протасова. Духовникъ царскій прот. Музовскій не согласился въ 1839 г. съ, поддержаннымъ членами Сѵнода, предложеніемъ Протасова объ усиленіи ограниченій правъ священнослужителей, слагающихъ съ себя духовный санъ. Государь, признавая званіе священническое столь важнымъ, что “должно затруднять добровольное онаго сложеніе”, не согласился, сколь это ему “ни прискорбно”, съ мнѣніемъ Музовскаго.
“Еще милосердный Господь хранитъ православный русскій народъ отъ горькихъ слѣдствій свободомыслія”, писалъ Протасовъ въ секретной всеподданнѣйшей запискѣ отъ 14 ноября 1842 г.» “еще преданность отечественной вѣрѣ жива въ сердцахъ его; но тѣмъ заботливѣе должны быть блюстители вѣры и тѣмъ тщательнѣе должны извлекать всю пользу изъ уроковъ прошедшаго для охраненія началъ, на коихъ зиждется религіозное воспитаніе юношества, особенно духовнаго... Къ сожалѣнію, не можемъ скрывать отъ себя, что и у насъ начала сіи были нарушены”. Первымъ сѣятелемъ чуждыхъ понятій на нивѣ образованія духовнаго юношества Протасовъ считалъ Ѳеофана Прокоповича. Въ 1836 г. проведено было крупное преобразованіе воспитанія духовнаго юношества, о чемъ будетъ сказано въ особой главѣ, какъ и о дѣлѣ прот. Павскаго, по-видимому, вызвавшемъ неприсутствованіе въ Сѵнодѣ съ 1842 г. митрополитовъ московскаго и кіевскаго.
Ревностно относившійся къ своимъ обязанностямъ, властный Протасовъ не разъ расходился съ митр. Филаретомъ (Дроздовымъ). Но это не препятствовало послѣднему оставаться главнымъ средоточіемъ всей русской церковной жизни того времени. Протасовъ такъ говорилъ о митр. Филаретѣ: “Слушаются иногда дѣла, почти неразрѣшимыя, возникаютъ обстоятельства сомнительныя, поднимаются вопросы щекотливые... Мы думаемъ, думаемъ, — и ничего не придумаемъ. И вотъ я, пользуясь его правиломъ не отказываться ни отъ какого труда, соберу всѣ бумаги къ разрѣшенію задачи, запечатаю, напишу “въ собственныя руки”, и правъ. Святой отецъ все обсудитъ, обдѣлаетъ и скорехонько мнѣ возвратитъ” (Сумароковъ). Знаменскій пишетъ о владыкѣ Филаретѣ: “Съ 1850 годовъ его руководительно-административное значеніе проявлялось въ изумительно широкихъ размѣрахъ, которые не ограничивались предѣлами одного церковнаго вѣдомства, а захватывали чуть не всю русскую жизнь. При взглядѣ на многотомное изданіе его писемъ, мнѣній и отзывовъ по самымъ разнообразнымъ дѣламъ становится даже непонятнымъ, когда этотъ крѣпкій и многосторонній умъ успѣвалъ все это обдумать”.