Замѣстителемъ его былъ владыка Исидоръ (Никольскій),
перемѣщенный изъ Кіева. Петербургскую каѳедру онъ возглавлялъ 32 года. Сынъ діакона тульской епархіи, род. въ 1799 г., онъ окончилъ петербургскую академію, былъ ректоромъ орловской и московской семинарій; въ 1834 г. былъ рукоположенъ митр. Филаретомъ во еп. дмитровскаго, викарія московскаго. Былъ онъ затѣмъ епископомъ полоцкимъ, могилевскимъ, помогая митр. Іосифу (Сѣмашко). Съ 1844 г. владыка назначенъ былъ экзархомъ Грузіи и въ теченіе 14 лѣтъ устроялъ сію древнюю Церковь. Любимымъ предметомъ научныхъ занятій владыки было Св. Писаніе; принималъ онъ участіе въ переводѣ Библіи на русскій языкъ. “Самъ съ перваго года своей жизни сирота, митр. Исидоръ былъ внимателенъ къ бѣднымъ и щедръ на благотвореніе; человѣколюбіе и благотворительность составляютъ самое лучшее и видное украшеніе личнаго характера митр. Исидора. Особенно онъ много вложилъ заботъ въ Импер. Человѣколюбивое общество, главнымъ попечителемъ котораго онъ состоялъ 32 года” (“Прав. Бог. Энц.”).Въ устройствѣ Св. Сѵнода послѣдовали перемѣны: учреждено при немъ въ 1867 г. контрольное отдѣленіе, учреждено въ томъ же году, вмѣсто духовно-учебнаго управленія, новое средоточіе для духовно-учебнаго вѣдомства — учебный комитетъ, въ родѣ прежней комиссіи духовныхъ училищъ, въ 1872 г. установлены для сѵнодальныхъ учрежденій новые штаты.
Послѣ смерти гр. Протасова обязанности оберъ-прокурора, въ теченіе года, исполнялъ его ближайшій помощникъ А. И. Карасевскій. Въ дальнѣйшемъ должность эту занимали: гр. А. П. Толстой (1856-62), ген. адъют. Ахматовъ (1862-65), гр. Д. А. Толстой (1865-80) и К. П. Побѣдоносцевъ въ самомъ концѣ царствованія императора Александра II.
Графъ Дмитрій Андреевичъ Толстой
(1823-89) былъ виднымъ государственнымъ дѣятелемъ, службу свою началъ въ департаментѣ духовныхъ дѣлъ иностранныхъ исповѣданій, черезъ годъ послѣ занятія должности оберъ-прокурора, назначенъ былъ и министромъ народнаго просвѣщенія. Твердый администраторъ правыхъ убѣжденій, онъ провелъ значительное усиленіе преподаванія древнихъ языковъ въ гимназіяхъ. При немъ произведено было преобразованіе духовно-учебныхъ заведеній. Съ 1882 г. онъ состоялъ президентомъ академіи наукъ.Число епархій увеличивалось. Въ первой половинѣ XIX в. особенно извѣстны были іерархи: Антоній (Смирницкій),
архіеп. воронежскій, явившійся въ мірѣ живымъ напоминаніемъ о выполняемыхъ заповѣдяхъ Христовыхъ, называвшій себя “служкой святителя Митрофана”, мощи котораго при немъ и были прославлены († 1846 г.). Мелетій (Леонтовичъ), архіеп. харьковскій (съ 1835 года), нетлѣнно почивающій въ гробу († 1840). Евфимій (Бѣликовъ), еп. саратовскій († 1863). Михаилъ (Добровъ), еп. оренбургскій (правившій въ 1831-35 годы). Антоній (Амфитеатровъ), архіеп. казанскій, воспитанный своимъ праведнымъ дядей митр. Филаретомъ кіевскимъ († 1879). Іаковъ (Вечерковъ), архіепископъ нижегородскій († 1850). Въ 1827 г. затворникомъ на покоѣ въ Кирилло-Бѣлозерскомъ мон. преставился еп. пензенскій Амвросій (Орнатскій). Всѣ они отличались особой праведностью и глубоко почитались.Херсонская и таврическая епархія возглавлялась съ 1848 г. выдающимся іерархомъ, архіеп. Иннокентіемъ (Борисовымъ),
до этого правившимъ вологодской и харьковской епархіями. Род. въ 1800 г. сынъ священника орловской епархіи, онъ окончилъ первымъ кіевскую академію; рано развился въ немъ даръ проповѣдничества. Педагогическая дѣятельность его началась въ петербургской семинаріи; былъ онъ потомъ инспекторомъ и профессоромъ петербургской академіи, сумѣвши оживить своими статьями и проповѣдями журналъ “Христіанское чтеніе”. Преподавалъ онъ богословіе основное, догматическое, нравственное, пастырское, обличительное. Будучи докторомъ богословія, онъ назначенъ былъ ректоромъ родной кіевской академіи. “И здѣсь его геній сразу приподнялъ внутреннюю жизнь академіи. Въ ней началась небывалая умственная дѣятельность, и то десятилѣтіе, въ теченіе котораго во главѣ ея стоялъ Иннокентій, справедливо можетъ быть названо самымъ блестящимъ періодомъ ея исторіи... Повсюду оставилъ онъ по себѣ добрую славу мудраго администратора, неутомимаго проповѣдника и просвѣтителя. Особенно любилъ онъ вновь устраивать монастыри, строить и украшать церкви; много заботился объ улучшеніи матеріальнаго быта и подъемѣ образованія сельскаго духовенства. Много хорошаго сдѣлалъ онъ (въ Одессѣ) для славянъ и грековъ...” (“Прав. Бог. Эн.”). Онъ поддерживалъ оживленную переписку съ очень многими архіереями и былъ въ близкихъ отношеніяхъ съ современными ему четырьмя оберъ-прокурорами. Архипастырское мужество проявилъ владыка во время крымской кампаніи въ Одессѣ и въ Севастополѣ, который посѣтилъ во время его осады. Скончался архіеп. Иннокентій въ 1857 г.