Владыка Антоній (Храповицкій), епископъ волынскій, вскорѣ почувствовалъ духовную красоту юнаго государя. Въ разгаръ разгоравшейся большой смуты, онъ 21 окт. 1905 г. произнесъ въ житомирскомъ соборѣ проповѣдь, въ которой выявилъ личность и свойства Императора Николая Александровича, подтверждая слово свое примѣрами. Обращаясь къ русскому народу, архипастырь взывалъ:.. . “Часто ли встрѣчалъ такую силу вѣры среди людей знатныхъ и богатыхъ и укажешь ли мнѣ во всей вселенной нѣчто подобное въ жизни царей, именующихъ себя христіанскими? Учись же у своего Царя вѣрѣ, умиленію и молитвѣ. Искреннее благочестіе остается неполнымъ, если не украшается любовью и состраданіемъ къ ближнимъ. И сію любовь нашъ Государь проявилъ въ первые же мѣсяцы по своемъ воцареніи, когда, по примѣру всероссійскаго праведника отца Іоанна Кронштадтскаго, началъ повсюду учреждать дома трудолюбія для бѣдныхъ, ибо именно въ этомъ нуждается городская бѣднота”. Въ осіяніи приснопамятнаго отца Іоанна прошла первая половина царствованія Государя. По преставленіи сего праведника 20 дек. 1908 г., по почину Государя, возвѣщенному въ тотъ же день въ рескриптѣ на имя митрополита петербургскаго и ладожскаго Антонія (Вадковскаго), установлено было особое ежегодное поминаніе дня его кончины.
Царствованіе императора Николая II ознаменовано прославленіемъ ряда святыхъ. Развивалась особливо церковная жизнь, Государю столь близкая, понятная и дорогая. Усиливалось миссіонерство. Понималось Имъ значеніе древности церковной и проявлялъ Онъ заботы о ней; цѣнилъ стародавнія иконопись, зодчество, пѣніе. Въ 1901 г. былъ Высочайше утвержденъ Комитетъ попечительства о русской иконописи, подъ предсѣдательствомъ гр. С. Д. Шереметева. Ревновалъ Государь о развитіи церковноприходскихъ школъ, въ чемъ ставило ему препоны либеральное большинство Государственной Думы. Государемъ былъ утвержденъ уставъ о пенсіяхъ и единовременныхъ пособіяхъ священнослужителямъ и псаломщикамъ.
Съ 1905 г. велась подготовительная работа по созыву Церковнаго Собора. По высочайшему повелѣнію образовано было въ январѣ 1906 года предсоборное присутствіе. Предсѣдателю такового, митрополиту петербургскому Антонію, Государь писалъ: “Съ глубокимъ вниманіемъ слѣжу Я за подготовительными работами къ предстоящему Помѣстному Собору Русской Православной Церкви. Да благословитъ Господь ваши труды къ обновленію нашей церковной жизни”. Присутствіе выработало рядъ важныхъ постановленій, которыя были представлены на благоусмотрѣніе Государя. Въ 1912 г. учреждено было предсоборное совѣщаніе для дальнѣйшей разработки этихъ вопросовъ. Наступившая въ 1914 г. война задержала созывъ Собора.
Въ 1913 году, когда праздновалось 300-лѣтіе Дома Романовыхъ, Государь, подчеркивая важность высшаго духовнаго образованія, наименовалъ Духовныя Академіи Императорскими. Государь даровалъ полную свободу исповѣданія старообрядцамъ. Поощрялъ Онъ всячески развитіе дѣятельности Императорскаго Палестинскаго общества, дававшаго возможность большому числу богомольцевъ изъ всей Россіи совершать дешево и удобно паломничества въ Святую Землю.