Въ послѣднія десятилѣтія XIX в. и первыя XX в. дѣятельными и просвѣщенными начальниками Миссіи были: архим. Флавіанъ (Городецкій),
членъ ея съ 1873, рукоположенный въ 1885 г. епископомъ люблинскимъ, впосл. митр. кіевскій, и съ 1896 г. архим. Иннокентій (Фигуровскій), возведенный въ 1902 г. въ санъ епископа переяславскаго, каковой титулъ былъ присвоенъ Святителю Иннокентію, когда онъ отправлялся въ 1721 г. въ Пекинъ. Владыка Иннокентій скончался въ Пекинѣ, въ санѣ митрополита, въ тридцатыхъ годахъ нынѣшняго столѣтія.Миссіонерство въ Японіи.
Въ 1860 г. православіе проникло въ Японію. Основателемъ православной миссіи былъ іеромонахъ русскаго консульства въ Хакодате Николай (Касаткинъ). Онъ родился въ 1836 г., окончилъ петербургскую дух. академію. Съ самаго начала своей службы (1861) принялся онъ за усердное изученіе языка, вѣрованій и нравовъ японцевъ и за переводы священныхъ и богослужебныхъ книгъ на японскій языкъ. Первенцемъ его христіанской проповѣди былъ Павелъ Сваабе, бывшій жрецъ одной кумирни, по обращеніи въ христіанство сдѣлавшійся самымъ пламеннымъ и самоотверженнымъ проповѣдникомъ св. вѣры. Къ нему примкнули еще два имъ самимъ обращенныхъ японца, Яковъ Урано и Іоаннъ Сакай. Своей катехизаторской проповѣдью эти три первыхъ дѣятеля японской миссіи успѣли настолько подготовить въ Японіи почву для православія, что о. Николай въ 1869 г. испросилъ у Св. Сѵнода разрѣшеніе на открытіе тамъ миссіи. Начальникомъ миссіи былъ назначенъ онъ, съ возведеніемъ въ санъ архимандрита, съ іерархической зависимостью отъ камчатскаго архіерея. Въ 1871 г. въ Хакодате и Токіо (1872) заведены были миссіонерскія школы, давшія новыхъ проповѣдниковъ-катехизаторовъ. Православіе начало распространяться въ Японіи такъ успѣшно, что возбудило противъ себя гоненіе, отъ котораго особенно тяжело пришлось пострадать Сваабе. Къ счастью, это гоненіе скоро было остановлено по представленію русскаго консула. Въ 1875 г. камчатскимъ архіереемъ были посвящены первые священники изъ японцевъ — о.о. Павелъ Сваабе и Іоаннъ Сакай.Въ 1880 г. архим. Николай прибылъ въ С.-Петербургъ. К. П. Побѣдоносцевъ, тогда еще не оберъ-прокуроръ, писалъ 6 января Наслѣднику Цесаревичу Александру Александровичу, совѣтуя повидать его: “... Онъ человѣкъ поистинѣ замѣчательный, всѣми уважаемый и пользуется популярностью въ Японіи, гдѣ живетъ уже около 20 лѣтъ, посвятивъ себя всецѣло дѣлу миссіи”. Въ этомъ году онъ былъ рукоположенъ епископомъ японскимъ. Побѣдоносцевъ же, составляя въ 1892 г. упомянутую выше записку для Наслѣдника Цесаревича Николая Александровича, писалъ о немъ: “Это поистинѣ апостолъ нашего времени, человѣкъ духомъ горящій, и зажигающій огни духовные въ сердцахъ...” Скончался владыка Николай 3 февр. 1912 г. Его очень почитали и японцы.
Въ 1895 г. японская Церковь насчитывала у себя 220 общинъ и свыше 22500 душъ христіанъ и обслуживалась 28 священнослужителями. Школа въ Токіо обратилась въ семинарію, которая въ 1882 г. сдѣлала первый выпускъ воспитанниковъ. Въ 1889 г. двое воспитанниковъ были отправлены для высшаго церковнаго образованія въ русскія дух. академіи. Имѣлись школы: катехизаторская , причетническая, женская и нѣсколько низшихъ училищъ. Миссія развила значительную переводную литературу и издавала три духовныхъ журнала. Богослуженіе въ японскихъ церквахъ совершалось на японскомъ языкѣ. Благодаря трогательнымъ призывамъ владыки Николая
дѣлались пожертвованія на миссію и помощь ей, конечно, оказывалась со стороны Св. Сѵнода. Важнымъ событіемъ для миссіи было провозглашеніе въ Японіи въ 1889 г. полной свободы вѣры. (Знаменскій).