Наконец, когда в 1648 г. царь Алексей Михайлович признал за благо дать всем своим подданным общее Уложение, по которому бы "Московскаго государства всяких чинов людям, от большаго и до меньшаго чина, суд и расправа была во всяких делех всем ровно", он дал вместе в том же законодательном кодексе общее уложение и для всего духовенства по делам гражданским. Царь "указал Монастырскому приказу быти особно", т. е. чтобы Монастырский приказ, доселе существовавший только в виде отделения в Приказе Большого дворца и едва упоминавшийся сделался самостоятельным судебно-гражданским учреждением для всех лиц духовного звания и ведомства (за исключением одного патриарха). Здесь должен был совершаться "суд во всяких истцовых искех на митрополитов, архиепископов, епископов, их приказных и дворовых людей, их детей боярских и крестьян, на монастыри, на архимандритов, игуменов, строителей, келарей, казначеев, на рядовую братию, монастырских слуг и крестьян, на попов и церковный причт" (Уложение. Гл. 13. Ст. 1). Учреждением такого суда для духовенства произведена была весьма ощутительная перемена в управлении нашей Церкви. Прежде Приказу Большого дворца или существовавшему в нем в виде особого отделения Монастырскому приказу подлежали по суду только те монастыри и духовные лица, которые имели несудимые грамоты, - теперь этому приказу подчинены все монастыри и все лица духовного звания и ведомства и несудимые грамоты упразднены. Прежде монастыри и духовные лица судились в Приказе Большого дворца только в исках на них со стороны лиц других ведомств - теперь в Монастырском приказе все духовные лица должны были судиться "во всяких истцовых исках", следовательно, и во всех взаимных их исках между собою, что являлось уже прямым вмешательством гражданской власти в дела Церкви. Прежде архиереи и настоятели привилегированных монастырей подлежали в исках на них сторонних лиц непосредственному суду самого государя, как по крайней мере выражалось в жалованных им грамотах, хотя в последние годы пред Уложением и они малопомалу начали уже судиться в Приказе Большого дворца (Уложение. Гл. 13. Ст. 1), - теперь же прямо было узаконено, что митрополиты, архиепископы и епископы во всех исках на них должны ведаться в Монастырском приказе, и таким образом Церковь в лице высших своих представителей явно подчинялась суду властей гражданских. Правда, в Уложении не определен личный состав Монастырского приказа, и в нем заседали вначале и духовные лица, например чудовский архимандрит, троицкий и новоспасский келари. Но скоро духовные лица были вытеснены оттуда и в приказе остались одни мирские судьи. По Уложению только патриарх, его приказные и дворовые люди, дети боярские, крестьяне и всяких чинов люди, живущие в патриарших домовых вотчинах, были изъяты во всяких делах из ведомства Монастырского приказа и оставлены под судом самого патриарха (гл. 12. Ст. 1). Но все монастыри и все вообще духовенство патриаршей области по исковым делам не были изъяты из ведомства этого приказа. Надобно еще сказать, что при неясности и неопределенности положений, касавшихся Монастырского приказа. Уложение Алексея Михайловича давало повод к разным злоупотреблениям со стороны лиц, заседавших в приказе, к их столкновениям с духовными властями и вмешательству в духовные дела. Уложение в его оригинальном списке подписали "по государеву указу" (октября 1648 г.) и патриарх Иосиф, и все другие архиереи, и весь освященный Собор, подписал вместе с прочими и Никон, бывший тогда еще новоспасским архимандритом, хотя в душе был очень недоволен Уложением, как обнаружилось впоследствии. Чтобы успокоить своего любимца, вскоре сделавшегося Новгородским митрополитом, царь Алексей Михайлович не замедлил сделать для него отступление от своего Уложения: дал ему несудимую грамоту (6 февраля 1651 г.), такую же, какая дана была некогда патриарху Филарету Никитичу, и предоставил Никону во всей Новгородской епархии "монастыри, и архимандритов, и игуменов, и дьяконов, и всех ружных и приходских церквей попов, и дьяконов, и причетников, и монастырских служек, и крестьян ведать судом и управою во всяких управных делех, опричь разбойных, и татных, и убивственных".