Патриаршие приказы имели каждый свое особое назначение, на что отчасти указывают и самые их названия, но некоторые из них вначале еще не довольно ясно были очерчены. В Дворцовом приказе сосредоточивалось высшее управление и суд над всеми вотчинами и крестьянами патриаршего дворца, равно над всякими приказными и дворцовыми людьми, служившими при патриаршем дворце или в патриарших вотчинах, и высшее заведование доходами с этих вотчин и выполнением ими государственных повинностей. Но сюда же велено было доставить, например, в 1625 г. подробную роспись Требникам и Служебникам, в которых по приказанию патриарха замазано было слово "и огнем", а в 1628 г. - отписку о поведении в нижегородском Печерском монастыре церковного дьячка Семейки Григорьева, находившегося там на епитимии по обвинению в волшебстве и подобное. Казенный приказ заведовал патриаршею казною: назначением даней и пошлин с церквей и монастырей епархии, сбором всякого рода пошлин на патриарха, домовыми патриаршими монастырями и отчетами о всех вообще приходах и расходах патриаршей казны. Область этого приказа была уже определена с большею точностию, нежели других. В Судном приказе производились суд и расправа над духовенством и мирянами патриаршей епархии по всем подлежащим делам, хотя известны только некоторые частные дела, производившиеся в этом приказе, каковы: о незаконных вкладах и продажах недвижимых имений в монастыри. В Патриаршем разряде, или Разрядном приказе, ведались дела, кажется, преимущественно административного характера: сюда, например, требовались сведения о поведении лиц, сосланных на епитимию в монастыри; велено было доставить для сожжения церковные уставы, напечатанные Логгином, также "Учительное Евангелие" и другие книги Транквиллиона; поступали ведомости из монастырей о числе собранных денег и даточных людей для государевой службы, хотя, с другой стороны, сюда же вызваны были на суд старец-соловар и слуга Симонова монастыря за причиненные ими будто бы убытки Троицкому монастырю. Адам Олеарий, бывший в Москве несколько раз при патриархах Иоасафе и Иосифе, не упоминает о Дворцовом патриаршем приказе, а о трех остальных говорит следующее: "Патриарх имеет свои особые три приказа, именно: 1) Разрядный, в котором ведутся списки всех церковных имений, записи на эти имения и помещаются в архив; 2) Судный, в котором патриарх производит свой суд и расправу, и 3) Казенный, в который вносится и сохраняется казна и ежегодный приход патриарха". Во всех патриарших приказах, по нашим документам, заседали только светские лица: в Дворцовом - патриарший дворецкий и патриарший дьяк; в Казенном - два патриарших дьяка; в Судном - два патриарших боярина да два дьяка; в Разрядном - два боярина, один государев, другой патриарший, и два дьяка. Но Олеарий пишет, что "патриарх поставлял в эти приказы для управления своих известных людей из духовного звания, которые и доносили ему обо всем, доставляли отчеты и исполняли его приказания и приговоры".
Между тем в других епархиях духовенство и особенно монастыри более и более переходили вследствие несудимых грамот из подчинения своим епархиальным архиереям под власть государева Приказа Большого дворца. Монастыри, не довольствуясь тем, что в исках на них сторонних лиц судились не в местных судебных учреждениях, а в одном Приказе Большого дворца и только в три известные срока, испрашивали еще себе у государя грамоты, чтобы и свои иски на сторонних лиц вести в том же одном Приказе Большого дворца, а не в разных судах, хотя, с другой стороны, по жалобе дворян и детей боярских в 1641 г. государь приказал производить впредь иски на монастыри и вообще на лица и учреждения духовного ведомства не в три положенные срока, а бессрочно. Дошло до того, что монастыри начали не слушаться своих епархиальных архиереев даже и не в гражданских делах, например, монастыри Вологодской епархии не хотели принимать старцев-епитимийцев, которых присылал к ним под начало местный архиепископ, без царского указа, и архиепископ принужден был бить челом государю, и государь приказал (март 1639 г.) чрез вологодского воеводу монастырям, чтобы они принимали епитимийцев, присылаемых архиепископом. Сам государь чрез Приказ своего Большого дворца простирал свою исключительную власть на всю экономическую и на всю правительственную часть монастырей и слал в монастыри свои грамоты не только, например, о поставке даточных людей и о сборе денег на жалованье ратным людям, но и против беспорядков, происходивших в монастырях, и о введении новых порядков во внутреннем управлении монастырей, не говорим уже о том, что сам государь назначал настоятелей и настоятельниц в монастыри, - это было с давнего времени и прежде. Только некоторым архиереям, например новгородскому, царь делал снисхождение и подтверждал за ними право самим "ведать и судить своих архиерейских приказных людей: и дьяков, и детей боярских, и крестьян, и всяких домовых службников во всяких исцовых искех" (грамота от 27 октября 1645 г.).