Не могло быть угодным духовенству Уложение царя Алексея Михайловича и своим решением вопроса о церковных имениях. Еще в 1580 г. Собором и синклитом с утверждения государя было постановлено, чтобы владыки и монастыри довольствовались только теми имениями, какими уже владели, и не покупали себе новых земель и вотчин, не принимали их в заклад и чтобы вотчинники своих вотчин по душам в монастыри не отдавали, а давали бы деньгами, сколько будет стоить жертвуемая вотчина, и только бедным монастырям, которым нечем жить, дозволено было бить челом государю о пожаловании их землею. Потому-то при первых наших патриархах, Иове и Гермогене, как мы видели, наши государи лишь подтверждали владыкам и монастырям прежние жалованные им грамоты на земли и вотчины, а вновь жаловали земельные владения только новым архиерейским кафедрам и новым монастырям. То же продолжалось и при патриархе Филарете и двух его преемниках. Царь Михаил Федорович дал подтвердительные грамоты, например, патриарху Филарету на Ржевскую десятину (1619), митрополиту Новгородскому Макарию (1623) и Коломенскому епископу Рафаилу (1627) на все их владения, также монастырям: Николаевскому корельскому, Васильевскому ладожскому, Вяжицкому, Кирилло-Белозерскому, Иосифо-Волоколамскому, Троицкому астраханскому, Покровскому суздальскому, Симонову и другим на все их владения. В этих грамотах подтверждались и все прежние права и привилегии духовных владельцев по управлению и суду в их вотчинах. А когда основалась новая архиерейская кафедра в Сибири и возникло там несколько новых монастырей, царь не замедлил назначить и кафедре и монастырям жалованье и наделить их землями. Иным монастырям, не жалуя новых земель и вотчин, жаловал или подтверждал другие льготы, доставлявшие им средства для жизни. Пожаловал, например, грамоты монастырям: Спасо-Прилуцкому на беспошлинную продажу 14000 пудов соли. Соловецкому на такую же продажу 100000 пудов соли, Кирилло-Белозерскому на такую же продажу 40000 пудов соли, Архангельскому на такую же продажу 7000 пудов соли, Никольскому песношскому на взимание таможенных пошлин в селе Рогачеве, Васильевскому ладожскому на беспошлинную ловлю рыбы на монастырских тонях, Успенскому староладожскому на такую же ловлю рыбы в Волхове. Духовенству новгородского Софийского собора приказал выдавать по-прежнему денежную и хлебную ругу и предоставил пользоваться сбором венечной пошлины в Новгороде и Новгородских пятинах; серпуховскому протопопу с братиею также подтвердил (1624) прежде пожалованные им грамоты. Во всех этих действиях Михаил Федорович не переступал пределов упомянутого постановления 1580 г. Но в других действиях он переступил эти пределы. Он начал раздавать села и земли и таким духовным владельцам, которые отнюдь не были бедны и имели чем жить: пожаловал своему отцу патриарху Филарету в 1619 г. две трети Варзужской волости в Двинской земле и дозволил ему принять село Бели с деревнями вкладом от частного лица, в 1621 г. пожаловал село Ярымово и сельцо Мартово с деревнями в Муромском уезде и село Сельну в Переяславском уезде, в 1626 г. - порожнее дворовое и огородное место в Москве за Никитскими воротами, в 1631 г. село Дмитровское в Московском уезде; патриарху Иоасафу в 1636 г. пустопорожнее место в Астрахани под двор для рыбного промысла; Саввино-Сторожевскому монастырю в 1644 г. - сельцо Иванково с семью пустошами. В то же время дозволил духовным владельцам приобретать себе новые владения покупкою: патриарху Филарету в 1631 г. проданы по указу царя ненаселенные земли из дворцовых имений, а патриархом Иосифом в 1644 г. куплены населенные и ненаселенные земли от частных лиц. Разрешил также делать и принимать в монастыри и архиерейские домы земельные вклады, когда в 1628 г. приказал писать в жалованных вотчинных грамотах: "Вотчинником, которым по государеву указу вотчины даны за службу, и их детем, и внучатом, и правнучатом выслуженные вотчины волно продати и заложити и в монастырь по душам дати", хотя эти вкладные вотчины и могли быть потом выкуплены родственниками вкладчиков или казною (Уложение. Гл. 17. Ст. 42). И потому, например, патриарший дом получил вкладами: от неизвестного загородный двор в Москве за Мясницкими воротами и от черного попа Иоиля Киселева половину деревни Лысчиково с пашнею, лугами, лесами и всякими угодиями в Нижегородском уезде. Таким образом духовенству вновь открывались все главные пути к увеличению своих земельных владений. Но Уложение царя Алексея Михайловича разом преградило эти пути следующею статьею: "Впредь с нынешнего Уложения патриарху, и митрополитом, и архиепископом, и епископом, и в монастыри ни у кого родовых, и выслуженных, и купленых вотчин не покупати, и в заклад не имати, и за собою не держати, и по душам в вечной поминок не имати ни которыми делы… а вотчинником никому вотчин в монастыри не давати" (гл. 17. Ст. 42). Не довольствуясь этим, стольники, и стряпчие, и дворяне московские, и все выборные люди Русской земли, присутствовавшие при составлении Уложения, били челом государю, чтобы он велел отобрать у патриарха и прочих архиереев, и у монастырей, и у протопопов и попов все вотчинные земли, которые даны им или приобретены ими после 1580 г. вопреки состоявшемуся тогда постановлению, и раздать служилым людям, и бедным дворянам, и детям боярским. И царь приказал (9 ноября 1648 г.) немедленно сделать и представить ему выписку, сколько с 1580 по 1648 г. вотчинных земель пожаловано государями архиереям, монастырям и церквам, сколько куплено ими самими или принято в залог и сколько дано им от разных лиц вкладами на вечный поминок, хотя ниоткуда не видно, чтобы царь действительно отобрал потом у духовенства все эти вотчины. Кроме того, в Уложении было узаконено также к огорчению духовенства: "А будет кто вотчинник, какова чину ни буди, или вдова постригутся, а за ними родовые, или выслуженные, или купленные вотчины, и им тех вотчин в монастыри не отдавати, а самим теми вотчинами, постригшися, не владети", между тем как доселе в России вотчинники и после пострижения своего в монашество свободно располагали своими вотчинами и могли давать их вкладами в монастыри и церкви (Уложение. Гл. 17. Ст. 43).