Ввиду таких обстоятельств положение Филарета Никитича было довольно затруднительное. Он, конечно, понимал, что правительство стремится освободить мало-помалу духовенство, монашествующее и мирское, из подсудности архиереям по всем делам недуховным и подчинить своему собственному суду, и как соправитель своему сыну-царю не мог или не хотел противиться этому намерению правительства. Но с другой стороны, как патриарх считал для себя неприличным покориться такой участи наравне с прочими архиереями. И вот по его совету и по прошению царь Михаил Федорович пожаловал ему 20 мая 1625 г. известную уже нам грамоту, которою во всей обширнейшей патриаршей области все духовенство, монашествующее и мирское, все монастыри и церкви с их слугами и крестьянами во всяких делах духовных и гражданских, кроме "разбойных, татных и кровавых", во всяких исках на них, подчинены были управлению и суду патриарха и обязывались платить ему всякого рода церковные пошлины. Исключение сделано было только для одного московского кафедрального Успенского собора: 25 мая того же года царь пожаловал ему тарханную грамоту, в которой предоставлял патриарху судить протопопа с братиею, и весь причет церковный, и их вотчинных людей и крестьян только в духовном деле, а "кому будет чего искати на протопопе с братиею, - говорил государь, - или на их прикащикех, ино их сужу яз, царь и великий князь, беспошлинно, в году на три (известные) сроки". С этого времени патриаршая область, или епархия, по управлению и суду явно начала как бы выделяться из круга прочих наших епархий: в патриаршей области все духовенство, белое и черное, по всем своим делам духовным и гражданским оставалось в подчинении своему архипастырю, тогда как в прочих епархиях и церковные причты, и особенно монастыри по делам гражданским более и более освобождались чрез несудимые грамоты из подсудности своим архиереям и подчинялись Приказу Большого дворца. Около этого же времени самое устройство управления и суда при кафедре патриарха получило некоторое преобразование. Прежде по уложению Стоглавого Собора каждый архиерей в управлении своею епархиею действовал чрез своих наместников, поповских старост, десятильников и пр.; в управлении своими церковными имениями чрез своего дворецкого, прикащиков, посельских и пр.; при кафедре каждого епархиального архиерея существовало два суда без особых названий: один по делам духовным для духовенства и мирян, где судил сам архиерей с архимандритами и другими духовными лицами; другой по делам недуховным также для духовенства и мирян, где судил архиерейский боярин или дворецкий с градскими старостами, целовальниками и дьяком, которых назначал сам государь, и с двумя или тремя поповскими старостами и десятскими, переменявшимися каждую неделю, по очереди, - не упоминаем о судах десятильничьих; казною же архиерейскою, в которую поступали пошлины по управлению и суду со всей епархии, заведовал один казначей. А если верить записке 1610 - 1613 гг. о царском дворе, то при патриаршей кафедре даже и по духовным делам судили одни светские судьи - патриарший боярин да дворецкий, да с ними два дьяка - и доносили дела пред патриарха, и все эти судьи давались от государя. Теперь при кафедре патриарха, бывшего вместе и государем, или соправителем своего сына, видим правительственные и судебные учреждения, которые по примеру царских такого же рода учреждений называются приказами. И именно уже с 1620 г. упоминаются патриаршие приказы: Дворцовый и Казенный; с 1622 г. - Судный приказ на патриаршем дворе и с 1628 г. Патриарший разряд, или Разрядный приказ, хотя, разумеется, все они могли явиться и прежде.