Основной внутренней проблемой, с которой столкнулось новое руководство, были последствия директивного планирования, начавшегося в 1930-х гг. и после войны вновь восстановленного. Все связанные с этим трудности ярко высветил конфиденциальный доклад, представленный директором Новосибирского экономического института Абелом Аганбегяном в июне 1965 г. Аганбегян отметил, что темпы роста советской экономики начали замедляться, в то время как экономика США явно находилась на подъёме. Некоторые секторы советской экономики — жилищное строительство, сельское хозяйство, услуги, розничная торговля — оставались очень отсталыми и развивались совершенно недостаточными темпами. Первопричину этих неудач Аганбегян видел в отвлечении колоссальных ресурсов на оборону (по его подсчётам, из 100 млн. занятых в производстве в оборонном секторе трудилось 30–40 млн. человек). Другая причина, по мнению Аганбегяна, — наследие прошлого в виде чрезмерной централизации и недостаточной демократии в экономической сфере. Далее он утверждал, что в сложном современном обществе отнюдь не всё может быть спланировано, поскольку невозможно предусмотреть все возможные случайности и их потенциальное влияние. Так, даже план, составленный центральными органами, не может быть выполнен должным образом по причине недостатка информации и современной вычислительной техники. Как заметил Аганбегян, в Центральном статистическом управлении нет ни одной вычислительной машины, и оно даже не собирается ими обзаводиться. Руководство экономикой страдает и от чрезмерной секретности. Аганбегян отмечал, что многие цифры он и его коллеги часто быстрее находят в американских журналах, чем могут получить их от Центрального статистического управления. Таким образом, экономика развивается непропорционально: создание резервов товаров и рабочей силы, предназначенных для преодоления непредвиденных случайностей и производства никому не нужных товаров только ради выполнения плана, находит выражение в грубых количественных показателях. Неиспользованные деньги скапливаются у населения, которое не может приобрести нужные ему товары. В результате усиливается инфляция и расцветает чёрный рынок.
Уже в 1953 г. Маленков предложил пересмотреть традиционные приоритеты и больше капиталовложений направить в производство потребительских товаров (промышленность группы Б, как её называли), а не в тяжёлую индустрию (промышленность группы А). Тогда из этой идеи ничего не вышло, отчасти потому, что производство потребительских товаров в номенклатурной иерархии пользовалось меньшим престижем, отчасти из-за того, что потребители этих товаров были более многочисленны, разрознены и гетерогенны: их потребности нельзя было удовлетворить, просто увеличив производственные планы. Хрущёвская попытка децентрализации управления экономикой преследовала цель сделать систему более чуткой к нуждам потребителей, но на деле привела лишь к большему её усложнению.
Новый премьер-министр Косыгин в 1965 г. попытался решить проблему иначе. Он воспринял некоторые уроки Аганбегяна и других экономистов. Косыгин вновь создал упразднённые Хрущёвым централизованные промышленные министерства, но в то же время попытался сделать механизм планирования более гибким. Выполнение плана теперь выражалось не в производственных показателях, но по «объёму реализованной продукции» — т.е. учитывалось только то, что действительно было продано. Таким образом, появились небольшие средства, которые можно было пустить на закупку капитального оборудования, отпала необходимость создавать запасы ненужного предприятию сырья, да и вообще руководители предприятий получили возможность более свободно распоряжаться имеющимися у них прибылями — можно, было использовать эти средства на повышение заработной платы рабочим, на социальные фонды, на новые капиталовложения и т.д.
По многим причинам реформа Косыгина — как и его предшественников — потерпела крушение. Во-первых, для того, чтобы в полной мере использовать те возможности, которые она открывала, предприятия должны были сами назначать цену на свою продукцию, но как раз этого права они и не получили. Кроме того, они нуждались и в значительно больших свободах в вопросе занятости — прежде всего это относится к праву увольнять лишних рабочих или тех, кто плохо работал. Такое право было дано аппарату управления, но в очень ограниченных пределах, скорее даже теоретически. К тому же промышленная администрация столкнулась с упорным сопротивлением увольнениям со стороны профсоюзов и части партийного аппарата. В то же время лидеры партии, напуганные событиями в Новочеркасске, очень чутко относились к малейшим проявлениям недовольства со стороны рабочих и потому практически не оказывали поддержки тем администраторам, кто проводил увольнения.