В 1501 г., на пороге нового века, когда избрание Александра, великого князя Литовского, на трон Польши возродило союз обоих государств на личном уровне после девяти лет перерыва, в городе Мельнике были подписаны новые хартии унии, в которых говорилось, что в будущем всегда будут происходить общие выборы общего правителя и что «общие советы» будут гарантировать тесное сотрудничество в области законодательства. Но династия Ягеллонов, обычно благоволившая такому союзу в целом, выступила против идеи общих выборов, которые, как им казалось, ставили под вопрос их наследные права на Великое княжество. В 1505 г., когда законодательная власть Польского сейма была определенно подтверждена, Литовский сейм с подачи короля отказался ратифицировать давно ждавший этого Мельникский договор. Так что решение вопроса о федеральном устройстве осталось в подвешенном состоянии более чем на 60 лет.
В этот переходный период, однако, казалось совершенно ясно, что уния основана не столько на юридических формулировках, сколько на реальной общности, которая связывала воедино части королевства Ягеллонов. В области международных отношений эта общность была продиктована, во-первых, постоянной опасностью, исходившей от вторжений татар, угрожавших юго-восточным пограничным землям и Великого княжества Литовского, и королевства Польского. Более того, хотя только Великое княжество, особенно его белорусские и украинские провинции, оказалось открыто для агрессивной политики Москвы, было очевидно, что этой растущей опасности можно противостоять только с помощью Польши. Просьбы Литвы о такой помощи – и военной, и финансовой – всегда получали полную поддержку королей. Сами поляки стали все больше понимать, что помогать сопротивлению Литвы – в интересах их собственной безопасности. Так, когда сроки перемирия, которое в 1522 г. положило конец второй войне Сигизмунда I с русскими, истекли в 1533 г. со смертью Василия III Московского и когда литовцы воспользовались малолетством Ивана IV, чтобы возвратить себе обширные утраченные территории, польские вспомогательные войска снова способствовали достижению ограниченных успехов в этой третьей войне.
При Сигизмунде-Августе ситуация сильно осложнилась. Иван IV, которого прозвали Грозным, теперь возмужал и в 1547 г. был коронован как царь. После своих побед на Востоке, которые привели к завоеванию Казани и Астрахани, вместо того чтобы сосредоточиться на борьбе с крымскими татарами, где сотрудничество с Литвой было бы вполне естественным, он решил направить свою экспансию на запад на двух фронтах с расчетом окружить Великое княжество Литовское. Еще до того, как в 1562 г. возобновилась война на старой белорусской границе, царь вторгся в Ливонию, которая попросилась под защиту Сигизмунда-Августа, и теперь угрожал Литве с севера. Когда в 1563 г. Иван IV взял Полоцк, потеря этой крепости, почти такой же важной, как и Смоленск, была серьезным предупреждением даже для Польши. Литовцы теперь даже больше, чем раньше, стремились укрепить союз с королевством.
Но польско-литовские переговоры, которые, несмотря на множество перерывов и колебаний, продиктованных изменяющейся политической и военной обстановкой, продолжали поглощать время сеймов в обеих странах в течение шести лет перед Люблинской унией, также были естественным результатом растущей ассимиляции королевства и Великого княжества посредством польского посредничества и поэтому способствовали не только развитию общего образа жизни, но и стихийному ополячиванию самых влиятельных высших слоев общества.
Довольно необычно, что ополяченная аристократия, возглавляемая родом Радзивиллов, по крайней мере, благосклонно относилась к более тесным политическим узам с Польшей и защищала автономию Литвы, потому что боялась потерять исключительную власть в Великом княжестве, если на него будет оказывать свое влияние более демократичное устройство Польши. По этой самой причине мелкопоместное дворянство Литвы требовало более тесных контактов с их «польскими братьями», особенно после 1562 г. Как и поляки, они были за слияние обоих сеймов в один общий парламент по польскому образцу без привилегий для магнатов и с преобладанием свободно избранных депутатов в нижнюю палату. Как и в 1501 г., эта идея объединялась с идеей общих выборов. На этот раз король, находившийся под впечатлением от внешней опасности и терявший надежду оставить каких-либо потомков, не чинил этому препятствий по династическим причинам и присоединился к сторонникам унии в обеих странах.