Центральная гондола полумонококовой конструкции имела общую длину 6 м. В задней части гондолы — кабина пилота с каплеобразным прозрачным фонарем. Он состоял из трехгранного козырька, средней верхней откидной части, двух средних боковых опускающихся панелей и заднего обтекателя. Для верхней части фонаря предусматривался аварийный сброс. Толщина лобового бронестекла козырька — 39 мм. Для облегчения подходов к радиооборудованию, размещенному позади бронезаголовника пилота, прозрачные панели задней части фонаря выполнялись легкосъемными.
Бронирование кабины состояло из набора бронеплит, прикрывавших пилота спереди и сзади. Впереди монтировалась сегментная верхняя 9,6-мм плита, несколько 6,5-мм бронеплит располагались за отсеком вооружения. Сзади летчика прикрывал 9,6-мм бронезаголовник и бронеплиты кресла толщиной 6,5 мм.
Передняя часть центральной гондолы представляла собой отсек вооружения, под которым располагалась ниша носовой стойки шасси. В задней части гондолы снизу крепился выдвижной трап, предназначенный для облегчения посадки в кабину. Здесь же размещался блок кодовых огней.
Хвостовые балки полумонококовой конструкции собирались из трех отсеков. Передний отсек выполнялся в виде единой конструкции с центропланом. К его передней стенке, служившей противопожарной перегородкой, крепилась моторама. В верхней задней части отсека размещалась турбокомпрессорная установка. Листы обшивки, омываемые выхлопными газами, выполнялись из нержавеющей стали. В нижней части отсека располагалась ниша для основной стойки шасси.
В среднем отсеке хвостовой балки монтировались этиленгликолевые радиаторы системы охлаждения двигателей. Входная часть каждого из тоннелей радиаторов была отделена от обшивки отсека щелью для отвода пограничного слоя воздуха (впервые на боевом самолете). Внутри отсеков размещались кислородные баллоны, а в левом, кроме того, аккумуляторы. В правой балке на этом месте имелось багажное отделение.
Задние отсеки балок с законцовками служили для крепления оперения. Длина самолета от переднего кока центральной гондолы до задней кромки рулей направления составляла 11,525 м.
Оперение состояло из стабилизатора с рулем высоты и двух килей с рулями направления. Размах стабилизатора составлял 6,62 м, угол его установки был нулевым. Правый и левый концевые обтекатели стабилизатора выполнялись взаимозаменяемыми. Неразъемный руль высоты имел весовые компенсаторы в виде двух каплевидных грузов, вынесенных на профилированных стойках. Каждый киль состоял из верхней и нижней частей, крепившихся к хвостовой балке. Для защиты оперения на случай посадки с опущенным хвостом в нижние кромки килей были вмонтированы стальные башмаки. Правый и левый кили симметричны и полностью взаимозаменяемы. Рули направления, как и кили, имели разъем в плоскости стабилизатора. Все рулевые поверхности обшивались металлическими листами и снабжались триммерами. На элеронах триммеров не было, но имелись пластины, регулировавшиеся на земле.
Управление самолетом тросовое. В отличие от других истребителей, на «Лайтнинге» применялась не традиционная ручка управления, а штурвал, закрепленный на Г-образном кронштейне. От штурвала тросы управления проводились к редукционному барабану, расположенному под полом кабины. Такие же тросы шли от педалей к рулям направления. В канале управления боковым движением тросы не только механически воздействовали на качалки элеронов, но и перемещали золотники гидроусилителей. В случае отказа или отключения последних возможность управления элеронами оставалась, но усилия на штурвале заметно возрастали. При работающих гидроусилителях потребные усилия для формирования угла крена этой сравнительно тяжелой двухмоторной машины не превосходили соответствующие нагрузки на ручке управления такого маневренного истребителя, как Як-9.
Шасси самолета впервые на серийном истребителе было выполнено трехопорным с носовой стойкой. Колея шасси — 5,03 м, продольная база — 3,038 м. Амортизаторы стоек масляно-пневматические. Все стойки убирались поворотом назад с помощью гидросистемы. На передней стойке имелся демпфер колебаний «шимми». Стойки оборудовались замками выпущенного и убранного положения. В случае отказа основной гидросистемы летчик мог выпустить шасси, работая ручной гидропомпой независимой аварийной системы. Была предусмотрена электромеханическая защита, запиравшая рычаг уборки шасси на земле при обжатых амортизаторах стоек. Главные колеса шасси диаметром 0,914 м имели гидравлические тормоза дискового типа, а свободно ориентирующееся носовое колесо диаметром 0,685 м — механизм стопорения в нейтральном положении.