Реформаторы чувствовали себя настолько уверенно, что Полоцкий и Медведев возглавили партию «латинствующих» среди духовенства, отстаивали католические взгляды по некоторым богословским вопросам. Добились от царя разрешения открыть новую типографию, не подконтрольную патриархии. Увлекли Федора Алексеевича проектами создания Славяно-греко-латинской академии. Предполагалось, что это будет первый российский университет по западному образцу, а возглавит его Полоцкий. Нетрудно представить, каким рассадником чужеземных влияний могло стать такое заведение, но в 1680 г. Полоцкий умер. Медведев без него не обладал достаточным весом, и патриарх затормозил эти проекты.
Начали проявляться и угрожающие последствия преобразований. Западнические реформы вызвали массовый уход людей в раскольничьи скиты. А временщики и их присные обнаглели, разоряли народ, разворовывали деньги. Разваливалась армия. Жалованье не доходило даже до столичной гвардии, стрелецких полков. Начальники, имевшие «лапу» в правительстве, не стеснялись прибирать деньги в свой карман, заставляли подчиненных работать в личных хозяйствах. Стрельцы подали жалобу царю, и Федор поручил разобраться Языкову. Однако в деле были замешаны приятели Языкова, и он объявил челобитную клеветой. Досталось тем, кто ее подал, – их били кнутом и отправили в ссылку.
Но и любимцы государя беспокоились: если он умрет, их положение станет незавидным. В 1680 г. Федор женился на Агафье Грушецкой, у них родился сына. Но младенец сразу умер, и царица не оправилась от родов, тоже скончалась. Языков с Лихачевым запаниковали. Им позарез требовалось, чтобы Федор все-таки произвел сына, тогда они смогут зацепиться за ребенка в качестве опекунов. Сосватали государю 14-летнюю родственницу Языкова, Марфушу Апраксину. Всего через полгода после кончины Агафьи сыграли свадьбу. Но выяснилось, что крестным отцом Марфуши был опальный боярин Матвеев. Юная царица замолвила словечко, развеяла клевету. Федор Алексеевич признал Матвеева невиновным, повелел вернуть из ссылки, возвратить ему состояние.
Обозначились новые перемены, но здоровье царя ухудшалось, он слег. А ухаживать за братом взялась Софья. Она неотступно находилась возле ложа Федора, дежурила днями и ночами. Хотя при этом перехватила связи государя с внешним миром, передавала распоряжения от его лица. 27 апреля 1682 г. государь скончался. У него осталось два брата. 17-летний Иван, еще более недужный, чем Федор. Он был почти слеп, хром, косноязычен. Был и 10-летний Петр. Тут же, у гроба, партия Нарышкиных предприняла заранее подготовленный демарш. Патриарх обратился к присутствующим, кому быть царем, Ивану или Петру. Большинство бояр высказалось за Петра, но указывали, что для решения надо созвать Земский собор. Нет, Иоаким не хотел позволять Милославским опомниться. Объявил – зачем ждать? Вышел на Красную площадь и задал тот же вопрос собравшейся толпе. Кого хотят люди? Закричали – Петра. Софья возражала – если Иван недееспособен, то и Петр еще мальчик. Предложила: пусть будет два царя. Патриарх легко разбил ее доводы, указал, что многовластие пагубно, и Богу угоден един государь.
Но в Москве уже бузили обиженные стрельцы. 30 апреля 17 полков предъявили ультиматум – уплатить жалованье и наказать их начальников, иначе грозили бунтом. Наталья перепугалась и решила задобрить стрельцов. Без расследования, без суда она велела арестовать обвиненных командиров, бить кнутом или батогами, пустить их имущество на уплату жалованья. Хотя ничего хорошего это не принесло. Полки остались без командования, разбуянились пуще прежнего. У стрельцов выдвинулся свой лидер, князь Хованский. Он был тайным раскольником. Внушал, что дальше будет еще хуже, им не дадут «ни корму, ни денег», а «бояре-изменники» продадут Москву еретикам и искоренят православие. 11 мая в столицу прибыл Матвеев. Стрельцы уважали его, присылали к нему делегации, жаловались. Боярин обещал разобраться, когда войдет в курс дел. Однако ему не позволили выправить ситуацию.
Софья и Милославские сумели сговориться с Хованским, запустили по полкам агитаторов, готовили боевые отряды. Рано утром 15 мая стрельцов подняли по набату. Подстрекатели шумели, что Нарышкины с помощью лекарей-иноземцев умертвили Федора Алексеевича, а теперь убили Ивана, законного царя. Оглашали списки «изменников». Правда, в Кремле царица Наталья вывела на крыльцо Ивана с Петром – оба живы. Патриарх и Матвеев увещевали стрельцов, они стали успокаиваться, извиняться. Но по сигналу заговорщиков во дворец ринулись отряды убийц, покатилась резня по спискам. Остальным стрельцам открыли винные погреба, они перепивались, подключались к погромам.