Прежде всего его упрекали за непозволительную будто бы снисходительность к язычникам. Один из обвинителей жаловался на Златоуста: «Некоторых язычников, великих врагов христианства, он принимал, давал им прибежище в церкви и защищал». Очевидно, здесь ставится в преступление Златоусту его великая христианская гуманность, ради которой он не препятствовал и язычникам пользоваться известным «правом убежища» в храме христианском. Но в этом случае он поступал так, как поступать учил публично в своих проповедях. Златоуст всегда внушал своим пасомым, что ни порицания, ни гнев не должны иметь места в отношениях христиан к язычникам. Например, он говорил: «Без особенного побуждения не называй язычника нечестивым. Если он спросит тебя, как ты судишь о его религии, то скажи, что она нечестива; но если тебя не спрашивают о ней и не заставляют говорить о ней, то ты не должен обнаруживать вражды. Если кто (из язычников) будет спрашивать тебя о нашей религии, то скажи, что относится к делу, а затем замолчи. Если мы (христиане) спорим с язычниками (о религии), то мы должны стараться о том, чтобы привести их к молчанию, но делать это без гнева, без жестокости. Если мы делаем это с кротостью, то возбуждаем в язычнике истинное доверие. Где гнев, там не присутствует Святый Дух». Очевидно, Златоуст, оказывая защиту несчастным из язычников, лишь прилагал к делу те начала, какие он раскрывал на словах, и если слова его вполне справедливы, то и деятельность, основанная на справедливых словах, не может ничего заслуживать, кроме хвалы.
Один челобитчик говорил, что «он (Златоуст) вторгался в посторонние церковные области и поставлял там епископов». Здесь, разумеется, главным образом деятельность Златоуста в Эфесской церковной области. То правда, что Златоуст поставил в Эфес епископом собственного диакона Ираклида и отрешил шестерых епископов той же церковной области за симонию. Но в этом случае он действовал не произвольно, но по желанию и требованию самой Эфесской церкви. Нужно сказать, что власть архипастыря Константинопольского после II Вселенского собора чем дальше, тем больше возрастала, хотя права этого архиепископа над соседними округами были канонически определены лишь на соборе Халкидонском. Если бы Златоуст, поступая так, как он поступал в данном случае, производил что-либо противозаконное и нетерпимое, то его примеру не стали бы следовать ближайшие его преемники. Но история показывает обратное. Даже св. Прокл Константинопольский действовал точь-в-точь, также, как и Златоуст.
Златоусту ставили в вину несколько случаев неправильного действования в качестве архипастыря в собственной епархии или церкви. Но все эти случаи или выдумка, или извращение действительных фактов.
Ему ставили в вину, как противозаконное действие, отдачу в руки светской власти двух священников (Порфирия и Верения) для наказания их ссылкой. Но подобный образ действования решительно не входил в правила Златоуста; весьма возможно, что священники эти виноваты были в каких-нибудь важных преступлениях, навлекавших на них кару общих законов (Тьерри). Обвинитель архидиакон Иоанн выставляет Златоуста нарушителем церковных законов, так как архиепископ его, Иоанна, «отставил от должности за то только, что он прибил своего раба мальчика Евлавия». На это нужно сказать, что Иоанн, если бы он был действительно достойным и высоконравственным человеком, не стал бы указывать на этот случай из своей жизни в своей жалобной грамоте. Разве не позорно то, что столичный архидиакон прибегает к кулачной расправе в своей домашней жизни? Если Златоуст лишил его должности, то в этом случае он действовал не как попиратель законов, а как защитник угнетаемых. Быть может, нужен был поучительный пример для прочих клириков. А главное, непонятно, на что жалуется архидиакон: он был только временно лишен должности Златоустом, а потом снова принят в клир. Если одних клириков, по словам обвинителей, Златоуст незаконно оставлял от должности, то других, по свидетельству тех же обвинителей, он противозаконно возводил в церковные степени. В особенности обвинители ударяли на то, что он поставил в священники некоего Серапиона. Обвинители говорили: «Серапиона он сделал священником в то время, когда этот человек находился под судом и не был еще оправдан». Серапион это был один из самых преданных учеников Златоуста, он пользовался большим значением у константинопольского архипастыря. Понятно, почему обвинение выбрало целью именно Серапиона. Хотели указать факт лицеприятия в иерархической деятельности Златоуста. Напрасно. Никогда архипастырь этот не позволил бы себе приблизить к нему лицо, в чем-нибудь подозрительное. Златоуст знал, что у него немало врагов; уже по этому одному он не мог посвятить Серапиона во священники, если бы последний не удовлетворял всем каноническим требованиям.
Многое множество обвинений сплели обвинители касательно богослужебной практики Златоуста, включая сюда совершение им важнейших таинств и его проповедническую деятельность.