Министр не возражал против названных кандидатов. Но в отношении Попова нужно было еще получить согласие Морского ведомства. Благодаря поддержке В. П. Верховского такое разрешение было получено, при условии, что ученый в летние месяцы будет заниматься дальнейшей разработкой телеграфирования без проводов на флоте.
Александру Степановичу пришлось также искать себе замену для преподавания физики в Минном офицерском классе. Первым, кого он предложил на свое место, был В. В. Скобельцын, но тот отказался. Не согласился ехать в Кронштадт и Н. Н. Георгиевский. Наконец свое согласие дал А. А. Петровский, недавний выпускник университета, впоследствии заслуженный деятель науки и техники.
28 августа 1901 г. высочайшим приказом по Гражданскому ведомству бывший преподаватель Минного офицерского класса коллежский советник Попов был назначен ординарным профессором Электротехнического института.
Вступив в новую должность, ученый первым делом занялся расширением научной и технической базы кафедры. Он получил лабораторию, оборудованную умело и с любовью своим предшественником. Однако для лекционных демонстраций приборов не хватало. Причиной тому был дефицит денежных средств.
С 1899 г. шло строительство нового здания института. В нем под кафедру физики предполагалось отвести почти целый этаж. Планировалось в связи с этим расширение лабораторной базы. Нужно было позаботиться о своевременной закупке новых приборов и инструментов. Еще В. В. Скобельцын запросил кредиты для приобретения дополнительного оборудования. Сумма была весьма скромной, но и ей грозило сокращение.
Чтобы получить нужное количество денег, Попов обратился к руководству с особой запиской. В приложении к ней был дан список необходимых приборов с указанием их стоимости. Записка была озаглавлена «Общее направление курса физики и ближайшие задачи научных работ в физической лаборатории Электротехнического института». Этот документ стал своего рода программой научной и методической работы кафедры физики института. В нем ученый писал: «Главная задача курса физики – дать основные учения об электричестве в таком изложении, чтобы те глубокие взгляды на природу электрических явлений, которые создались благодаря работам М. Фарадея и Д. К. Масквелла, заняли первенствующее положение в науке и после знаменитых опытов Г. Герца не оказались недоступными для обыкновенных смертных, а, напротив, явились руководящими началами в изучении электротехники… Прежде всего, нужно изложение этого отдела электрических явлений сделать наглядным… Решение всех затронутых здесь задач более чем где-либо уместно в лабораториях института, но пока ни в физической, ни в других лабораториях нет необходимого для этого количества приборов, а приборы эти, как-то: источники электрической энергии высокого потенциала, электрические измерительные приборы высшей чувствительности, поляризационные оптические приборы и т. п., представляют по сравнению с другими значительную ценность, и только щедрые затраты могут дать условия для плодотворных работ как для целей чистой науки, так и техники».
Усилия Попова не пропали даром. В новом здании института, открывшем свои двери в августе 1903 г., физическая лаборатория получила несколько комнат и дополнительное оборудование.
Под руководством ученого проводились работы по различным разделам курса физики. Особо следует выделить исследование С. Я. Лифшица. Его, недавнего выпускника Московского университета, увлекало изобретение Попова. Узнав о возможности приема радиодепеш через телефон, он решил: если на слух можно принимать сигналы, закодированные с помощью азбуки Морзе, то почему нельзя на слух же принимать разговорную речь, то есть радиотелеграфировать. Для этого молодой исследователь решил попробовать в индукционную катушку, в ее первичную обмотку, включить не ключ Морзе, а микрофон. Чтобы продолжить свои опыты, Лифшиц обратился за помощью к Попову и получил полную поддержку. Профессор пригласил юного коллегу к себе в Электротехнический институт и создал ему все необходимые условия для научной работы. Лифшиц вспоминал: «Как руководитель научных работ, Александр Степанович отличался следующими характерными для него чертами. Он старался помочь молодому исследователю, но всячески избегал стеснять его инициативу и навязывать ему свою точку зрения. Когда мне было трудно и дело не ладилось, я обращался за советом и помощью к Александру Степановичу и находил всегда нужную поддержку. А в остальном Александр Степанович старался не стеснять меня и предоставлял действовать, как мне лично казалось лучше».