По результатам работы группы Нитце Макнамара приказал переработать «Единый оперативный план» Комитета начальников штабов. При Эйзенхауэре этот план был ориентирован только на одновременное применение всех ядерных средств против военных и невоенных целей, причем к последним относились главные промышленные и административные центры СССР и его союзников. Теперь военные и гражданские цели выделялись в отдельные списки, что предполагало возможность ведения такой войны, в которой ядерные удары наносятся только по военным целям. Кроме того, допускалось «дозированное» применение ядерных сил в случае, если США будут контролировать ход военных действий, и постепенное наращивание ударов в случае, если противник не согласится прекратить войну. Теперь «Единый оперативный план» включал пять основных вариантов ведения ядерной войны, от нанесения ударов только по стратегическим ядерным силам противника и, по мере эскалации конфликта, вплоть до массированного термоядерного удара по основным города и стратегическим промышленным объектам. Собственно, все эти варианты имели больше теоретическое и пропагандистское, чем реальное значение. При их разработке молчаливо предполагалось, что другая сторона, то есть Советский Союз, также будет использовать свои силы поэтапно, то есть в ответ на удар по своим стратегическим ядерным силам ответит ударом по американским носителям ядерных боезарядов. А если Москва применит ядерное оружие первой, то по-джентльменски начнет с ударов по американским ракетам, подлодкам и бомбардировщикам. Слава богу, что ни один из этих вариантов до сих пор не пришлось применять на практике. Но фактически планы поэтапного использования ядерного оружия прежде всего призваны были успокоить американскую и мировую общественность. Людям пытались внушить, что возможна ограниченная ядерная война, которая не будет грозить им особо катастрофическим последствиями, если дело ограничится, например, лишь ударами по стратегическим ядерным силам. Однако к реалиям возможной термоядерной войны все эти сценарии имели очень небольшое отношение. Если бы Советский Союз первым нанес термоядерный удар (а американская военная доктрина исходила прежде всего из такого предположения), то он ни в коем случае не ограничился бы ударом по стратегическим ядерным силам США. Ведь в Москве прекрасно понимали, что у них нет шансов уничтожить не только все, но даже хотя бы большинство американских термоядерных носителей и боезарядов. Следовательно, неизбежно последует сокрушительный американский ответный удар, который, ясное дело, не ограничится уничтожением советских средств доставки термоядерного оружия, а затронет все основные центры страны. Но точно так же, если первыми ядерное оружие решат применить Соединенные Штаты, им не будет никакого смысла ограничиваться советскими стратегическими ядерными объектами. Все равно уничтожить их все будет невозможно, и у противника останется достаточно сил и средств для термоядерного удара, направленного прежде всего против мирного населения.
Макнамара, объясняя американской общественности причины перехода от эйзенхауэровской доктрины «массированного возмездия» к доктрине «гибкого реагирования», признавал, что ядерная война теперь, когда у СССР появились межконтинентальные баллистические ракеты, может нанести неприемлемый урон населению и территории самих Соединенных Штатов. Ранее наличие у СССР стратегических межконтинентальных бомбардировщиков мало беспокоило Вашингтон, поскольку по своим тактико-техническим свойствам они имели мало шансов преодолеть американское ПВО.
В июне 1962 года Макнамара в речи в Энн-Арбор (Мичиган) выдвинул концепцию контрсилы: «Главная задача в случае ядерной войны… состоит в уничтожении вооруженных сил противника, а не гражданского населения. Однако в крайнем случае даже в случае внезапного массированного нападения со стороны неприятеля у союзников есть резервная ударная мощь, достаточная для уничтожения вражеского общества».
Разработанная в президентство Кеннеди доктрина «гибкого реагирования» предусматривала и определенные стадии развития глобального неядерного конфликта в Европе, если бы таковой случился между войсками Организации Североатлантического договора и Организации Варшавского договора. Американские теоретики полагали, что в неядерном конфликте в Европе обязательно должна возникнуть стадия «неядерной паузы», непосредственно предшествующая применению ядерного оружия. Во время такой паузы, как думали разработчики доктрины «гибкого реагирования», стороны конфликта могли бы взвесить все риски ядерной эскалации и, возможно, отказаться от применения ядерного оружия. Скорее всего, и в данном случае мы скорее имеем дело с пропагандой, направленной на обработку прежде всего американской общественности. Вряд ли в Пентагоне так уж сильно заблуждались насчет качеств советских политических лидеров (военные в СССР самостоятельной роли никогда не играли) и всерьез полагали, что они, в случае начала мировой войны, будут соблюдать «джентльменские соглашения» о «неядерной паузе».