17 октября Кеннеди вылетел в штат Коннектикут, чтобы принять участие в запланированных предвыборных мероприятиях кандидатов-демократов. Эту поездку не стали отменять, чтобы у советской стороны не возникли подозрения, что американцы уже знают о ракетах на Кубе и что в Вашингтоне уже действует кризисный штаб. Президент вернулся вечером того же дня. К этому времени к поддержке идеи блокады склонился и Соренсен. Таким образом, блокаду поддержали ближайшие к Кеннеди члены «Эскома», пользовавшиеся его наибольшим доверием.
Макнамара доказывал Кеннеди, что «хирургически точный налет» не даст нужного результата, как из-за трудности точечного поражения целей, так и из-за мощи кубинской ПВО, усиленной советскими зенитными ракетами. Поэтому требовался массированный налет, направленный как на уничтожение площадок для ракет средней дальности, так и на подавление системы ПВО. А подобный налет никак не удалось бы выдать за ограниченную акцию. Для Кеннеди эти соображения Макнамары, ссылавшегося на мнение руководства ВВС, стали последним аргументом в пользу блокады.
18 октября Кеннеди принимает решение о необходимости осуществить военно-морскую блокаду Кубы. Одновременно он поручает Бобби и Соренсену добиться поддержки этого решения всеми членами «Эскома». Хотя большинства голосов для принятия решений не требовалось, поскольку их принимал сам президент единолично, Кеннеди хотел заручиться максимальной поддержкой со стороны всех советников и министров, чтобы в какой-то мере разделить на всех ответственность за решения, принимаемые в кризисной обстановке. Однако достичь консенсуса не удалось. Группа Ачесона продолжала настаивать на бомбардировке Кубы. Дискуссию пришлось прекратить, и Соренсен начал писать речь для Кеннеди, в которой говорилось об объявлении блокады Кубы. На следующем заседании «Эскома» в пятницу, 19 октября, Ачесон отсутствовал. Остальные участники совещания текст речи президента одобрили, о чем Роберт и сообщил Джону, находившемуся в отеле «Блэкстоун» в Чикаго, где он был с предвыборной поездкой. После обеда в субботу, 20 октября, было назначено заседание Совета национальной безопасности, первое с момента начала кризиса.
Открывший заседание директор ЦРУ Дж. Маккоун продемонстрировал последние фотографии ракет на Кубе, сделанные американскими разведывательными самолетами. Затем Макнамара коротко обосновал необходимость введения блокады Кубы, чтобы предотвратить приведение советских ракет в боеспособное состояние. Он также предупредил, что блокада не исключает проведения в последующем и других акций, включая воздушные налеты на Кубу. Затем выступил Банди с аргументами в пользу бомбардировки ракетных позиций. Возникла длительная пауза. Ее прервал первый заместитель министра обороны Гилпатрик, заявивший, что выбор между блокадой и бомбардировкой – это выбор между ограниченной и неограниченной акциями, и что, выбрав блокаду, президент всегда сможет в дальнейшем перейти к бомбардировкам и другим силовым акциям. Кеннеди согласился с Гилпатриком. При этом возможные потери в случае массированного вторжения на Кубу американских сухопутных сил и морской пехоты оценивались в 40–50 тыс. убитых и раненых за все время военной кампании.
Стивенсон, приехавший на заседание СНБ из Нью-Йорка, предложил, чтобы США выступили с заявлением, где выразили готовность пойти «демилитаризацию, нейтрализацию и гарантированную территориальную целостность Кубы», а также на возвращение Гаване американской военной базы в Гуантанамо в обмен на удаление советских ракет с Кубы. Стивенсон также говорил, что он мог бы договориться с советской стороной о выводе американских ракет средней дальности из Турции и Италии в качестве своеобразной компенсации за вывод советских ракет с Кубы. Он рекомендовал официально просить ООН о посылке инспекционных групп на все советские и американские базы в зарубежных странах, чтобы предотвратить их использование в целях подготовки внезапного нападения. Кеннеди предложения Стивенсона отверг.
Утром 21 октября, в воскресенье, Кеннеди встретился с генералами и экспертами ВВС, специалистами по нанесению бомбовых ударов. Они заявили, что необходим только массированный налет, но и он не гарантирует уничтожения всех целей. После этой встречи Кеннеди окончательно решил, что пока следует ограничиться блокадой. Но в подготовленном Соренсеном проекте речи он слово «блокада» заменил более нейтральным словом «карантин». Суть дела от этого не менялась, поскольку «карантин» предусматривал все те же действия американского флота и авиации, что и блокада.