«Забравшись в храм под предводительством Дыбенко, красноармейцы вместе с приехавшими с ними любовницами ходили по храму в шапках, курили, ругали скверно-матерно Иисуса Христа и Матерь Божию, похитили антиминс, занавес от Царских врат, разорвав его на части, церковные одежды, подризники, платки для утирания губ причащающихся, опрокинули Престол, пронзили штыком икону Спасителя. После ухода бесчинствующего отряда в одном их притворов храма были обнаружены экскременты».
В академии Дыбенко не задержался. С октября 1919 года Павел Ефимович последовательно командовал 37-й стрелковой, 1-й Кавказской «дикой», 4-й и 2-й кавалерийскими дивизиями на Кавказском и Южном фронтах. В сентябре 1920 года возвратился на учебу.
Будучи слушателем академии, Дыбенко отправился на подавление Кронштадтского мятежа. В ходе организации карательных сил у большевиков возникли серьезные трудности: ряд воинских частей отказались выступать против мятежников. В этих условиях беспартийному Дыбенко доверили командование Сводной дивизией. Бывший председатель Цетробалта доверие оправдал и особо отличился, приказав в критический момент боя стрелять по собственным отступающим бойцам. Так Павел Ефимович заработал свой первый орден Красного Знамени. Через год, командуя карательной дивизией «против банд Антонова» — второй орден.
Как мы уже знаем по предыдущему изложению, каратели были у большевиков в особой чести. В 1922 году Дыбенко восстановили в партии, с зачетом дореволюционного стажа. По окончании академии этот «сухопутный матрос» командовал 6, 5, 10-м стрелковыми корпусами. 6 мая 1925 года был назначен начальником Артиллерийского управления, в 1926 году — начальником снабжения. РККА.
С 1928 года Дыбенко командовал войсками Туркестанского военного округа, геройски бился с басмачами Максума Фузайли и Ибрагим-бека, получил еще один орден Красного Знамени. В 1930–1931 годы был на учебе в Германии. В 1935 году возглавил Приволжский военный округ. В свободное время писал воспоминания о своих подвигах и о роли балтийцев в победе Октябрьской революции (см. его труд «Из недр царского флота к Великому Октябрю»).
Во время Октябрьской революции Федько стал одним из руководителей ревкома в Феодосии, где организовал отряд Красной гвардии, развернувшийся затем в 1-й Черноморский революционный полк. Вслед за победой пролетариата последовали массовые убийства бесперспективных для новой жизни классов. Так, в январе 1918 года в Евпатории революционный экипаж гидрокрейсера (плавбазы гидросамолетов) «Румыния» утопил 46 своих офицеров, одного, интереса ради, сожгли в топке парового котла. Но в связи с вступлением в Крым германских войск пришлось оставить такого рода увлекательные занятия и срочно уходить на Кубань.
В мае–октябре 1918 года Федько командовал 3-й и 1-й колоннами войск Северного Кавказа, сражавшихся против Деникина. С 27 октября, после измены И. Л. Сорокина, временно исполнял должность главкома революционных войск на Северном Кавказе. В ноябре командовал 11-й армией, затем был помощником командующего и членом РВС той же армии.[8]
В мае 1919 года Иван Федорович убыл в распоряжение советского правительства Украины и был назначен в помощь Дыбенко членом РВС Крымской советской республики, заместителем командующего Крымской армией. В конце июня, перейдя в наступление с керченского плацдарма, деникинцы выбили красных из Крыма. На этот раз Федько уходил через Перекоп. Из остатков Крымской армии была образована Крымская советская дивизия под командованием Дыбенко, заместителем остался Федько. 1 августа дивизию переименовали в 58-ю стрелковую, Иван Федорович стал ее командиром. Дивизия обороняла Николаев, затем в составе группы Якира выходила из окружения и в сентябре соединилась с основными силами Красной Армии. За эти бои комдив удостоился ордена Красного Знамени.