В разгар мировой войны матрос Дыбенко занимался антивоенной пропагандой среди матросов бригады линейных кораблей и добился немалых успехов. Едва царь отрекся от престола, как распропагандированная им «братва» приступила к истреблению офицеров. Их стреляли, поднимали на штыки, забивали прикладами или кувалдами, топили в прорубях. А Дыбенко в апреле 1917 года стал председателем Центрального комитета Балтийского флота — Центробалта.
Активно участвовал в подготовке Октябрьского переворота в Петрограде, руководил формированием и отправкой в столицу отрядов матросов. Крейсер «Аврора» и другие корабли вошли в Неву по приказу Дыбенко. На следующий день после взятия Зимнего дворца полуграмотный Паша Дыбенко стал членом Советского правительства, народным комиссаром по морским делам и, как повествует официальная биография, «одним из организаторов советского флота», а также разгона Учредительного собрания и расстрелов рабочих демонстраций.
В феврале 1918 года, как мы знаем, германское командование двинуло свои войска в сторону Петрограда. В районе Нарвы большевики попытались преградить им путь силами Красной Гвардии и отрядов «революционных» матросов.
Нарком Дыбенко объявил красный террор «немецкой буржуазии» и во главе сводного отряда численностью в 800 человек (для сравнения, брать Зимний, мосты, почтамт, телеграф и прочее на помощь Ленину приехали 10 тысяч балтийцев) выступил к Нарве. Однако запала «братишек», всю войну поглощавших калорийную пищу в тылу (бригада линкоров в боевых действиях не участвовала), хватило на одни сутки фронтовой жизни. По воспоминаниям М. Д. Бонч-Бруевича, вместо борьбы с немцами, «разложившиеся матросы занялись раздобытой в пути бочкой со спиртом».
Уже 3 марта Дыбенко объявил начальника Нарвского боевого участка бывшего генерала Д. П. Парского врагом, специально поставившим его геройский отряд в «трудное положение», и отдал приказ к ретираде. Матросы восприняли приказ с воодушевлением, они «добежали до Гатчины», за рекордно короткое время преодолев 120 километров. В середине марта за сдачу Нарвы Дыбенко исключили из наркомов, арестовали и отдали под следствие. Но как только содержание под стражей заменили подпиской о невыезде, Павел Ефимович набрал целый эшелон матросиков и убыл на восток, сражаться с «контрреволюционной волной». Эшелон по приказу Москвы задержали уже в Самаре, полководца вернули обратно. Суд состоялся в мае. Ревтрибунал бывшего наркома оправдал, но ЦК выгнал его из партии — «за бесчестное нарушение обязательства».
После суда Павел Ефимович убыл на подпольную работу в Украину, против «буржуазно-помещичьей диктатуры» гетмана Скоропадского. В августе 1918 года был схвачен в Севастополе, посажен в тюрьму, но в сентябре немцы вернули «резидента» Совнаркому в целости и сохранности. После этого он занимался формированием повстанческих частей в «нейтральной» зоне.
В начале 1919 года Дыбенко всплыл как командир одного из партизанских отрядов в составе Украинского фронта, «созданного для оказания помощи трудящимся Украины в освобождении от германо-австрийских оккупантов и буржуазных националистов», участвовал во взятии Харькова, ставшего временной столицей Советской Украины, и в наступлении на Екатеринослав.
21 февраля он возглавил 1-ю Заднепровскую дивизию. Комбригами у Павла Ефимовича тоже были колоритные персонажи — атаман Н. А. Григорьев и «батько» Н. И. Махно. Затем Дыбенко командовал Крымской армией, которая 29 апреля заняла Севастополь. На краткий срок Дыбенко снова стал наркомвоенмором Крымской республики. Однако в мае сначала поднял вооруженный мятеж Григорьев, а затем казачий генерал-лейтенант А. Г. Шкуро — бывший командир Красной Армии, арестованный по обвинению в контрреволюции и чудом избежавший расстрела, — разбил бригаду Нестора Махно, прикрывавшую участок Таганрог—Ростов. После этого в конце июня советские войска вынуждены были оставить Крым. Из Крымской армии сделали дивизию, а Дыбенко отправили в Академию Генерального штаба.
В середине июня белые взяли Харьков. «Особая комиссия по расследованию злодеяний большевиков» скрупулезно фиксировала следы жизнедеятельности дыбенок: