В феврале 11-ю армию расформировали. После этого Левандовский последовательно командовал 1-й Особой и 7-й Самарской кавалерийскими, 33-й Кубанской стрелковой дивизиями (в составе возрожденной и снова распущенной 11-й отдельной и 10-й армий), воюя против частей Кавказской армии П. Н. Врангеля на астраханском направлении. После провала деникинского похода на Москву, красные в феврале — марте 1920 года вернулись на Северный Кавказ. Левандовский командовал Терской группой войск, важнейшая задача которой состояла в захвате нефтепромыслов. Ленин держал этот вопрос на особом контроле, бомбардируя РВС фронта телеграммами:
«Нам до зарезу нужна нефть, обдумайте манифест к населению, что мы перережем всех, если сожгут и испортят нефть, и наоборот дадим жизнь всем, если Майкоп и особенно Грозный передадут в целости».
Еще до завершения операции, Владимир Ильич поставил командованию Кавказского фронта задачу организовать вторжение в Азербайджанскую республику — на Бакинскую нефть тоже имелись виды. Потому, выбросив на свалку сыгравшие свою разрушительную роль лозунги о праве наций на самоопределение, Ленин возвращал утраченные колонии:
«Взять Баку нам крайне необходимо. Все усилия направить на это, причем обязательно в заявлениях быть сугубо дипломатичным и удостовериться максимально в подготовке твердой местной Советской власти. То же относится к Грузии, хотя к ней советую относиться еще более осторожно».
Так отрабатывался сценарий, ставший позже классическим: правительство марионеток просит у Кремля военной помощи, в которой большевики никогда не умели отказать. Главная роль отводилась 11-й армии, которую вновь возглавил Левандовский. Азербайджанское правительство по дипломатическим каналам пыталось выяснить у Москвы, что означает концентрация советских войск у границы, но ответа не получило.
27 апреля началась интервенция. Через два дня ударами с суши и с моря был захвачен Баку. К «вождю мирового пролетариата» полетела телеграмма Временного ревкома Азербайджана с просьбой «немедленно оказать реальную помощь путем присылки отрядов Красной Армии» для отражения натиска «соединенных банд внутренней и внешней контрреволюции». В это время по стране во всех направлениях, не встречая сколько-либо серьезного сопротивления, продвигались оккупационные войска, проводя показательные акции устрашения. В Баку они приступили к расстрелам населения в первую же ночь.
Левандовский в июле 1920 года вступил в командование 9-й армией, которая разбила десант врангелевского генерал-лейтенанта С. Г. Улагая на Таманском полуострове и особо отличилась в истреблении кубанского казачества. Как писал член Реввоенсовета С. А. Анучин, в июле РВС армии, совместно с Кубано-Черноморским комитетом РКП (б) и ревкомом, сформировали ударные отряды. Ударниками была «расстреляна не одна тысяча противников Соввласти и сожжена не одна станица (не одна сотня домов). И это чрезвычайно благоприятно подействовало на казачество, отрезвило его».
Весной 1921 года 9-я армия внесла свой вклад в установление Советской власти в Закавказье, ликвидируя «контрреволюцию» в Грузии. А с июля по сентябрь, будучи губвоенкомом Тамбовской губернии, Михаил Карлович давил мятежных крестьян — усмирял «антоновщину». В апреле 1924 года был назначен командующим Туркестанским фронтом и полтора года «усмирял» басмаческое движение в Средней Азии. С ноября 1925 года — командующий Кавказской Краснознаменной армией, одновременно с марта 1928 года — уполномоченный Наркомата по военным и морским делам при Совнаркоме Закавказской федерации.
С октября 1928 года начальник Главного управления РККА, с декабря 1929 года командующий войсками Сибирского, затем Закавказского военных округов. С 1933 года вновь командовал Кавказской армией.