Для защиты от обстрела Ми-6 предусматривалась локальная бронезащита кабины (чего изначально не было у Ми-8, которые пришлось дорабатывать уже на месте, прикрывая рабочие места экипажа стальными листами). Согласно описанию, вертолет оснащался «броневой защитой летчиков и штурмана от ружейно-пулеметного огня наземного противника». Занимательно, но о наличии брони не догадывалось и большинство летчиков Ми-6 — изнутри по кабине она выглядела частью конструкции и внешне не выдавала своего присутствия. Бронезащита выполнялась в виде 12 съёмных плит из гомогенной стали марки КВК-2. От огня снизу летчиков прикрывали четыре бронеплиты, расположенные на полу кабины в районе установки педалей и ручек управления. Две бронеплиты крепились непосредственно за спинками сидений летчиков и еще две — с наружных сторон их дверей. Перед правым летчиком устанавливалась бронеплита для защиты от огня спереди (командира прикрывали монтажи оборудования перед его рабочим местом). Штурмана защищали две бронеплиты, навешенные по бортам снаружи и закрывающие собой нижние боковые стекла его кабины, третья крепилась с наружной стороны двери его кабины.
Экипаж Ми-6 обсуждает боевую задачу
Имевшийся на борту пулемет А-12,7 по основному назначению практически не использовался: очевидно было, что тяжелый вертолет никак не приспособлен к дуэльной ситуации при встрече с зенитчиками противника. Если пулемет и находил применение, то для оценки обстановки на месте посадки — по просьбе командира штурман выпускал очередь в сторону внушавших опасения дувалов, чтобы проверить, не прячется ли там кто. Пулемет приходил на помощь при расчете посадки, позволяя оценить приземный ветер — выпущенная очередь вздымала фонтанчики пыли, указывавшие на ветровой снос.
С учетом афганской специфики появились и надлежащие инструкции по выполнению боевых задач. Согласно наставления, при использовании вертолетов Ми-6 для обеспечения маневра и действий войск их задачей ставилась доставка боеприпасов и материальных средств, перевозка боевой техники и грузов. Полеты предписывалось выполнять на высотах не менее 2500 м относительно рельефа местности при непременном сопровождении вертолетами Ми-8МТ. Наряд для сопровождения назначался из расчета два Ми-8МТ для пары Ми-6. Боевой порядок следовало строить с таким расчетом, чтобы все экипажи в полете могли наблюдать друг друга. Особое внимание уделялось ведомому сопровождающей пары, так как обстрел мятежники старались вести по замыкающему группы или отставшему от группы вертолету. Между вертолетами Ми-6 выдерживалась дистанция 100–200 метров, интервал 400–500 метров. Вертолеты сопровождения следовали сзади Ми-6 и ниже их на 10–15 метров. Набор высоты производился над охраняемой зоной аэродрома. Маршруты при полетах на одну и ту же площадку предписывалось постоянно менять, избегая попадания в засады противника. Выход на площадку осуществлялся на высоте 2500 м. Снижение на неё производилось над охраняемой зоной, по спирали с небольшим скольжением. Вертикальную скорость снижения следовало держать равной 7–10 м/сек. Первыми на посадку заходили Ми-6. вертолеты сопровождения находились на безопасной высоте над площадкой, прикрывая Ми-6 на посадке, при разгрузке и погрузке. Если Ми-8 садились рядом, то последующий взлет они производили первыми для обеспечения взлета и набора высоты Ми-6. После набора безопасной высоты группе следовало выполнять полет на свой аэродром уже по другому маршруту.
Весной 1982 года была предпринята реорганизация вертолетных полков. За счет изъятия одной эскадрильи Ми-8 в них добавили эскадрилью Ми-24, при этом обе эскадрильи Ми-6 сохранялись и полки продолжали именоваться овп (в отличие от обвп, укомплектованных Ми-8 и Ми-24).
Помимо 280-го и 181-го полков, с апреля 1984 года к числу использовавших Ми-6 частей добавилась 320-я отдельная вертолетная эскадрилья, размещенная в Кундузе и работавшая в интересах афганцев (она так и именовалась «советнической»). Задачами эскадрильи были перевозки по обеспечению гарнизонов афганской армии и снабжению населения, с целью поддержать местные власти, придав тем хоть какую-то уверенность в своих силах (или хотя бы в союзнике, без помощи которого Кабул уже не мыслил существования). Со времени появления 320-й овэ вертолеты Ми-6 в авиации 40-й армии стали различать по принадлежности, так и именуя — «полковыми» и «эскадрильными».