Первое появление Ёнаи в парламенте имело большой успех. Сообщалось, что он «не сказал ничего особенного, однако речь его была краткой, изысканной и сильной». Имея дело с проблемными вопросами страны в эту мрачную зиму 1940 года, адмирал проявил хладнокровие и опытность. По его словам, «он был рожден в долгах, вскормлен трудностями, прошел тяжелую школу жизни». Однако ни он, ни Япония не были готовы к событиям, что вскоре последовали.
Семь месяцев Ёнаи вел корабль государства через бурные воды внутренних разногласий и водовороты международных проблем. Блицкриг Германии породил пока еще слабые ожидания во всей Японии. Ультрас и армия жаждали получить свою долю в грядущей победе нацистов. Действия Ёнаи были слишком медленными и нерешительными для их аппетитов. Они хотели установить всеобъемлющий союз с державами оси, который обеспечил бы получение Японией части трофеев.
Неудовлетворенность политикой Ёнаи и тех, кто поддерживал его, была очень сильной. В начале июля стало известно о зревшем заговоре. Конспираторы были группой фанатиков, называвших себя
Ёнаи мешал армии, и неделю спустя у нее сложился план действий. Заместитель военного министра Корэтика Анами позвонил 8 июля новому хранителю печати маркизу Кидо. «Военные круги, — сообщал генерал, — готовят перемены в связи со сложившейся в мире ситуацией. К сожалению, политика кабинета Ёнаи не способствует началу переговоров с Германией и Италией, поэтому может случиться фатальная задержка. Военные считают, что изменения в составе кабинета неизбежны, чтобы разрешить возникшую проблему».
Итак, армия все-таки перекрыла кабинету Ёнаи кислород. Военный министр подал в отставку, но генералитет уклонился от назначения преемника. Ёнаи оказался вне игры. На протяжении последующих четырех лет он не появлялся ни в коридорах власти, ни на флоте. В качестве бывшего премьера он автоматически становился одним из старших государственных деятелей, дзюсин, и ведущие политики время от времени брали у него консультации.
В 1944 году, когда пал Сайпан, ушел Тодзё. Ему на смену, как намечалось, должно было прийти совместное премьерство Ёнаи и генерала Куниаки Койсо. Адмирал должен был одновременно исполнять обязанности морского министра. Его включение в это правительство должно было означать изменение политики. Но случилось так, что на Койсо легло бремя исполнения почти всех премьерских обязанностей, а Ёнаи сосредоточился на управлении флотом. Когда правительство Койсо пало после потери Филиппин, новый премьер-министр Судзуки настоял, чтобы Ёнаи продолжал оставаться министром флота в новом кабинете. Несмотря на отказ Ёнаи, сославшегося на свое плохое здоровье, Судзуки не принял никаких «нет».
Категорическое неприятие войны со стороны Ёнаи было хорошо известно. Он определил это позднее так: «Я полагаю, что переломным моментом войны было ее начало. Я чувствовал с самого начала, что не было никакого шанса на успех…» Он также сказал, что высшему командованию флота, если бы оно было свободно в принятии решения об окончании войны, следовало бы, во-первых, предпринять для этого необходимые шаги после ряда легких побед на Гавайях, Гуаме, Филиппинах, в Сингапуре и Рангуне. Вторая возможность, по его словам, «могла бы возникнуть после потери Сайпана; а после этого события решение вопроса стали затягивать, и боевые действия продолжались уже по инерции».
Адмирал Соэму Тоёда вместе с Ёнаи входил в Высший совет по руководству войной. Он был недавно выбран в состав «Большой шестерки». 29 мая 1945 года назначен начальником штаба флота; до этого он был главнокомандующим Объединенного флота. Новая должность не значила ничего, это было равносильно званию адмирал флота Швейцарии, так как флота у Тоёды практически не было. Адмирал прекрасно понимал это, и у него не было сомнений в окончательном результате войны.
Тоёда был родом из префектуры Оита, так же как Анами и Умэдзу. И это было причиной того, что Ёнаи выбрал его на этот пост. Тоёда окончил Военно-морскую академию, выполнял поручения Высшего военного совета во время Первой мировой войны, занимал различные высшие посты на флоте. В мае 1944 года он был назначен главнокомандующим Объединенного флота, незадолго до того, как он понес значительные потери в результате катастрофических поражений японских войск на Сайпане, Филиппинах и Окинаве.