Главная опасность Соловецким островам всегда исходила от шведов. В 1579 году они разорили Кемскую волость, к которой был приписан монастырь, вторглись в пограничную Риноозерскую волость, не раз нападали на пограничные волости Приморья, стремясь овладеть всем побережьем Белого моря. В Москве такая активность северных соседей вызывала тревогу. В 1584 году царь Федор Иванович издал указ о возведении вокруг Соловецкого монастыря каменных стен. Строили их 12 лет. В основание закладывали огромные валуны весом до шести тонн, швы между ними заливали известковым раствором с битым кирпичом. Стены в результате получились циклопические – высотой до 11 метров и толщиной у основания 5–7 метров с семью воротами, восемью башнями, протянувшиеся более чем на километр.
Еще до окончания возведения крепостных стен в Соловецкий монастырь были посланы воеводы князья Андрей и Григорий Волконские «со многой ратию» численностью около трех тысяч стрельцов. Стрелецкое войско всегда находилось на полном обеспечении Соловецкого монастыря. Из монастырской казны стрельцам выдавалось жалованье и приобреталось вооружение. Их количество в разное время было разным. В военный период оно доходило до 2,5–3 тысяч, в мирный составляло не более 130 человек. Помимо этого, в крепости всегда имелись запас воды и продовольствия на случай длительной осады, а все иноки проходили военное обучение и при внезапном нападении могли отстоять обитель своими силами.
Соловецкое сидение
Беда пришла откуда не ждали. Монастырская братия не приняла церковных реформ патриарха Никона. В Москву летели челобитные, доказывающие несостоятельность нововведений чересчур ретивого патриарха. Отчасти это было вызвано неприязнью соловецких монахов к самому Никону. В свое время Никон принял монашеский постриг в Анзерском скиту Соловецкого монастыря. Пробыв там три года, он обвинил монахов в сребролюбии и тайно на утлой лодчонке бежал с Соловков. Еще больше против патриарха братию настроил перенос в Москву мощей митрополита Филиппа.
Монахи упрямились, отказывались проводить богослужения по новым присланным из Москвы книгам, продолжая жить по-старому. Когда же на Соловки был направлен новый настоятель, отец Иосиф, монахи выгнали его из монастыря. В ответ все противники церковной реформы были преданы анафеме, а еще через год царь применил свой главный аргумент – пушки.
22 июня 1668 года стрельцы под командованием Игнатия Волохова высадились на Соловках. Три года царские войска осаждали мятежный монастырь, на все лады проклиная его неприступные стены. Они выжгли окрестности, вырезали весь скот, спустили часть воды из Святого озера, в результате чего обмелели колодцы.
Из-за отсутствия свежих продуктов в крепости началась цинга. Но монахи не сдавались. Исход дела решило предательство. Монах-перебежчик Феоктист указал секретный ход, шедший от слегка заложенного кирпичом окна под сушильной палатой у Белой башни в хозяйственный южный дворик. Темной февральской ночью, за час до рассвета, когда в крепости проходила смена караула, стрельцы проникли в монастырь, добрались до ворот и открыли их.
Несколько сотен защитников обители погибли в короткой жаркой схватке, в живых осталось только 60. Половина из них впоследствии была казнена. Иноков топили в проруби, жгли огнем, подвешивали за ребра. Выброшенные на лед тела замученных весной унесло в Белое море. Когда после восьмилетнего «Соловецкого сидения» в монастырь прибыл новый игумен Макарий, в нем оставалось всего 14 монахов. Да и они впоследствии были разосланы по другим монастырям. Оправиться от потрясений Соловецкий монастырь смог только к началу XVIII века.
Со слов очевидцев осады, один из лидеров старообрядцев, князь Андрей Денисов, написал «Историю об отцах и страдальцах соловецких». Многие участники восстания были причислены Русской старообрядческой церковью к лику святых. Память о погибших соловецких сидельцах осталась и в народных песнях.
Монастырь принимает бой
Второй раз двухпудовые вражеские ядра полетели в монастырские стены во время Крымской войны на Соловках было объявлено военное положение из-за возможного нападения английского флота. В монастыре на тот момент насчитывалось всего 20 пушек времен Ивана Грозного и царя Петра. Причем только две из них были годны для обороны. 16 мая 1854 года на остров были доставлены еще 8 пушек с достаточным запасом ядер.