Новые резервы министерство госбезопасности черпало из партийных структур. В сентябре 1952 г. штаты МГБ СССР и его местных органов по указанию ЦК партии вновь были сокращены примерно на 25 % личного состава (сокращениям подвергся прежде всего контрразведывательный аппарат МГБ СССР)8
.В это же время Сталин распорядился сократить денежное содержание значительной части работников МГБ СССР. В октябре 1951 г. и в августе 1952 г. вышли постановления Совмина СССР, которые ввели специальные звания для офицерского состава органов госбезопасности и, таким образом, лишили права получения денежных надбавок за воинские звания чекистов-офицеров. Произведенная отмена денежной выплаты за звание оперативному составу органов госбезопасности привела к сокращению зарплаты оперработников в среднем на 25–30 %, что, естественно, вызывало недовольство у сотрудников МГБ. (Армейские воинские звания и, следовательно, денежные выплаты сохранялись только в военной контрразведке, пограничных войсках, военностроительных частях и войсках внутренней охраны.)9
С осени 1951 г. подверглась реорганизации и внешнеполитическая разведка страны. 2 ноября 1951 г. разведывательные функции государства были переданы из Комитета информации при МИДе СССР в МГБ СССР. Структуры этого комитета соединились с Первым управлением МГБ (внешняя контрразведка), и таким образом было воссоздано Первое Главное управление МГБ (руководителем этой структуры остался генерал-лейтенант Савченко С.Р.). Решение Политбюро в декабре 1951 г. закрепило передачу функций внешней разведывательной работы в полном масштабе в ведение МГБ СССР10
.В 1952 г. реорганизации и сокращению подверглась административно-хозяйственная служба МГБ СССР. В феврале вышло постановление Совета Министров СССР «О реорганизации административно-хозяйственного аппарата МГБ СССР», в соответствии с которым объединялось Управление делами и Хозяйственное управление министерства госбезопасности в единое Административно-хозяйственное управление, при этом численность штатов сокращалась на 800 единиц. В мае 1952 г. в результате проверки, произведенной комиссией Политбюро ЦК партии, выяснилось неблагополучное положение дел в Главном Управлении охраны МГБ СССР. По данным комиссии ЦК ВКП(б), руководители этого подразделения незаконно обогащались за счет казенных средств и долгие годы присваивали государственное имущество. Начальник Главного Управления охраны МГБ СССР генерал-лейтенант Власик Н.С. был снят с работы и исключен из рядов ВКП(б), а позже, в декабре 1952 г., арестован как человек, который «стал слепым орудием в руках вражеской группы врачей-вредителей»11
. К ответственности также были привлечены еще семь высокопоставленных руководителей ГУО МГБ СССР. Руководителем этого подразделения Сталин назначил по совместительству самого Игнатьева С.Д.В 1952 г. серьезным реорганизациям подвергся агентурно-осведомительный аппарат органов МГБ и оперативные учеты. В январе 1952 г. ЦК партии утвердил Постановление СМ СССР «О мерах улучшения агентурно-оперативной работы в органах МГБ СССР», и в это же время с целью очищения и упорядочения оперативных учетов была одобрена новая «Инструкция по оперативному учету в органах МГБ СССР». В соответствии с ней начал наводиться порядок в центральной оперативно-справочной и дактилоскопической картотеках. Вскоре ЦК партии принял решение полностью исключить из состава агентурно-оперативной сети работников партийного аппарата, руководящих работников советских, профсоюзных и комсомольских органов. Появляется новая категория агентуры – спецагенты. О том, как изменился основной инструмент деятельности отечественных спецслужб – агентурная сеть, – можно судить по следующему факту: практически за год с января 1952 г. по январь 1953 г. агентурная сеть органов МГБ СССР в целом сократилась более чем в четыре раза12
.В конце 1952 г. перемены в МГБ СССР приобрели еще больший размах. Сталин почти еженедельно принимал кардинальные решения по министерству, открыто выражая свое явное недовольство ходом оперативной и следственной работы по основным интересующим его делам, он с бранью встречал и провожал руководителей МГБ у себя на ближней даче в Кунцево и в Кремле. 13 ноября 1952 г., окончательно разочаровавшись в деятельности своего выдвиженца Рюмина М.Д., он распорядился снять его с должности начальника следчасти по особо важным делам – заместителя министра госбезопасности, и в то же время Сталин приказал освободить из-под стражи некоторых генералов, которые были опорочены Рюминым М.Д. После этого Сталин поручил Игнатьеву С.Д. лично проследить за ходом расследования по делам Абакумова – Шварцмана и врачей из Лечсанупра, пригрозив министру напоследок: «Если вы не вскроете террористов, американских агентов среди врачей, то будете там же, где и Абакумов!»13
Сталин предписывал Игнатьеву