Хроника начинает изложение событий «от начала мира» и завершается царствованием императора Юстиниана. Греческий оригинал Хроники дошел до нашего времени в единственном списке XII в. (Оксфордская библиотека Бодлея, № 128), который к тому же фрагментарен, обрывается на 563 г. и имеет ряд лакун в начальных частях. Полный греческий текст хроники был издан в 1691, 1733, 1831 гг., последний раз в составе Боннского корпуса сочинений византийских авторов (CSHB). В 2000 г. текст был издан в новой серии CFHB (т. 35). Сохранились также незначительные фрагменты греческого текста первой книги «Хронографии». В настоящее время во Франции идет работа над созданием единого стабильного текста.
Пропуски лишь отчасти могут быть восстановлены по немногим фрагментам других греческих списков, а также по сохранившемуся тексту древнеславянского перевода. Наличие славянского перевода Хроники исключительно ценно, во-первых, потому, что в Оксфордском списке не сохранилось начало Хроники (частично восполняемое греческими фрагментами в других рукописях), а, во-вторых, потому что славянские списки дают некоторые отклонения от греческого текста или дополняют его, что дает возможность предположить в основе славянского перевода греческий текст иной редакции, чем дошедший до нас в Оксфордском списке, а это особенно существенно, учитывая, что славянский перевод был, несомненно, сделан с более ранней рукописи Хроники, чем Оксфордский список XII в. Кроме перевода на славянский существует грузинский перевод Хроники.
Не до конца выяснены источники, откуда Малала черпал сведения об античности. Как и другие хронисты Византии, он обычно цитирует предшественников, не называя их имен. Считается, что, начиная с событий, происходивших в царствование императора Зенона (474-491 гг.), Малала пишет о них со слов современников и очевидцев. Центральным пунктом, откуда Малала обозревает все события истории, был для него родной ему город Антиохия, так что иногда Хроника кажется просто антиохийской городской летописью, на фоне которой лишь кое-где мелькают эпизоды, восходящие к другим краям вселенной. В заключительных частях Хроники центр действия переносится в Константинополь, и, соответственно, эти разделы кажутся летописью столицы.
Малала писал свой труд «не для узкого круга знати и образованных людей, а для широких масс, прежде всего для многочисленного в Византийской империи монашества... Он задался целью дать нравоучительное, в духе христианского благочестия, назидательное и в то же время занимательное чтение для широкой аудитории читателей и слушателей». Согласно оценке известного специалиста по византийской литературе К. Крумбахера, Малала стремился создать «простонародную» книгу без оскорбления «престолов и алтарей» в привлекательном и доступном для масс изложении. Одним из наиболее важных является вопрос о структуре «Хронографии» и выделяемых в ней тематических блоках.
Если Я.Н. Любарский был склонен выделять в сочинении Малалы две части («библейско-греческую» и «римсковизантийскую»), полагая водоразделом установление империи, то, по нашему мнению, более логично было бы разделить «Хронографию» по содержанию и смыслу на три раздела: кн. I-VI — события библейской и греческой истории (включая легендарные эпохи); кн. VII-XII — римская история; кн. XIII-XVIII — византийская история.
В книгах I-V излагается древнейшая история, в основном -это пересказы библейской истории и греческих мифов (о борьбе богов с гигантами, о Зевсе и Кроне, о Семеле, об Ио), которой Малала следует средневековой версии Диктиса Критского. В III книге излагается преимущественно библейская история, в V — история Троянской войны.
Затем в Хронике повествуется о персидских царях, лидийском царе Крезе, о греках и македонских царях, о начале Рима (кн. VI), о Ромуле, Реме и первых римских царях до Тарквиния (кн. VII), о преемниках Александра Македонского — Птолемеях и Селевкидах (кн. VIII). Последующие книги (кн. IX-XII) излагают историю Юлия Цезаря и римских императоров от Октавиана Августа до Констанция Хлора, а затем — римских и византийских императоров от Константина Великого до Юстиниана (кн. XIII-XVIII).
Выделение заключительного раздела представляется вполне закономерным, так как XIII книга, повествующая о IV столетии от Константина до Аркадия и Гонория, с одной стороны, продолжая «римские» книги, с другой — меняет интонацию в связи с началом христианской эпохи, а также с переносом столицы в Константинополь.
И если определенная «переходность» XIII книги проявляется еще и во включении в нее нескольких императоров, как в целом в «римской» части, то в дальнейшем каждому отдельному византийскому императору будет посвящена отдельная книга (окончательно с XV кн., посвященной Зенону).
Есть еще один признак, объединяющий все книги с XIII по XVIII в одно целое. Если для первых 12 книг неизменным атрибутом было краткое и клишированное описание внешнего вида основных действующих лиц, то в «византийских» книгах это явление исчезает.