В комиссию вошли по 20 представителей от «Союза освобождения» и «Союза земцев-конституционалистов». Будучи секретарем этой 40-членной комиссии, Д. И. Шаховской сыграл принципиально важную роль в подготовке учредительного съезда конституционно-демократической партии и разработке ее основополагающих программных, уставных и тактических документов. Дмитрий Иванович был одним из горячих защитников тактики, усвоенной конституционно-демократической партией, и непримиримым противником мнения меньшинства прежних земских съездов. О себе Шаховской заявлял: «К созданию партии конституционно-демократической я всегда шел твердо и не раскаиваюсь в этой деятельности, совершенно несогласный с тем, будто мы слишком рано разгородились по партиям. Без партий ответственная политическая деятельность невозможна, а деятельность политическая у нас идет полным ходом, хотя на пути и нагромождаются большие камни и еще больше — разного хламу». Чуть позже Шаховской в беседе со своими друзьями признал определенную торопливость в этом вопросе, высказывая сомнения в перспективности узкопартийной деятельности, в особенности в провинции. Но сомнения эти пришли гораздо позже (1912 год).
Выработанный комиссией проект программы партии был обсужден на первом съезде конституционно-демократической партии, собравшемся 12–18 октября 1905 года в Москве. Съезд состоялся в доме князя Павла Дмитриевича Долгорукова, на нем была обсуждена программа партии и одобрено ее название — конституционно-демократическая. Д. И. Шаховской был избран в состав Центрального комитета. На протяжении всей деятельности кадетской партии в России Д. И. Шаховской занимал в ЦК ключевые посты: товарища председателя и секретаря ЦК, председателя и члена многих комиссий. Важно также подчеркнуть, что он был одним из самых дисциплинированных членов кадетского ЦК и регулярно посещал его заседания.
Программа была изложена в общих выражениях, «вполне достаточных для партии, занимавшей исключительно положение оппозиционное», по выражению И. И. Петрункевича. Кадеты выступали за радикальное реформирование общественно-политической системы во всех ее ключевых звеньях исходя из принципа разделения властей, требования гражданского и политического равноправия, введения демократических свобод. Ориентируясь на западные образцы парламентского строя, кадеты стремились к укоренению в России норм демократического правового государства.
Из мартовской программы «Союза освобождения» были в основном заимствованы отделы по аграрному и рабочему вопросам. Наделение безземельных и малоземельных крестьян государственными, удельными и кабинетскими землями, а где их нет — частновладельческими, с вознаграждением нынешних владельцев этих земель, составляло суть отдела об аграрной реформе. Разработка рабочего вопроса являлась совершенно новой и самостоятельной в программе. Помимо обычных требований охраны труда, создания условий для развития коллективной самодеятельности и обеспечения вышедших на пенсию, а также утративших здоровье и трудоспособность работников программа содержала особый пункт о нормировке продолжительности рабочего времени, введении восьмичасового рабочего дня. Программа по национальному вопросу, предлагавшая автономию Польши и Финляндии, децентрализацию России, культурно-национальное самоопределение народов, была специально подготовлена Ф. Ф. Кокошкиным.
На втором съезде 5 января 1906 года была принята поправка по поводу избирательного права женщин, допускавшая свободу голосования. Второй съезд конституционно-демократической партии состоялся в Петербурге в январе 1906 года. Это был первый съезд, не возбраненный администрацией. Он собрал более трехсот человек в зале Тенишевского училища. К этому времени ряды партии значительно разрослись.
Организация партии была поддержана значительной частью интеллигенции и самых разнообразных кругов русского общества, что выражалось массовым вступлением в ряды партии. По признанию одного из лидеров партии И. И. Петрункевича, «стремясь демократизировать власть, кадеты порой забывали, что они сами, как господствующий класс, составляют часть власти, которая издавна принадлежала их предкам. В течение десятилетий в передовом дворянстве отмирало классовое сознание. Это вносило благородный, рыцарский оттенок бескорыстия в их жизнь и деятельность. Но для России, может быть, было бы выгоднее, безопаснее, если бы дворянство крепче держалось за свою руководящую роль, яснее сознавало свое значение для культуры».