Тем не менее, после убийства Иоанна Каподистрии как политика Греции вообще, так и ее церковная политика в частности резко изменили свой курс и подпали под влияние английской внешней политики, направленной на поддержание автокефальных тенденций против сохранения целостности Константинопольского Патриархата.
Согласно Лондонскому протоколу 1832 г., в 1833 г. Греция окончательно стала монархией, и на престол взошел Баварский принц Оттон (1833–1862). Устроение церковных дел при новой власти стало протекать в совершенно протестантском духе. Протестант, профессор права Мюнхенского университета Георг Людвиг фон Маурер, в числе прочего получил в свое ведение церковные вопросы. К Православной Церкви Греции он пытался применить принципы, определяющие отношения государства и Церкви в протестантских странах.
В 1833 г. была образована комиссия из семи членов, которая была призвана дать оценку церковной ситуации в Греции. Все члены комиссии подбирались тенденциозно и были сторонниками развития Греции по западной модели, навязывавшейся стране западноевропейскими государствами. Комиссия предоставила тенденциозные выводы о состоянии Церкви в греческом государстве, предлагая в качестве единственного выхода из сложившейся ситуации объявление автокефалии.
15 июля 1833 г. в Навплие, в котором в то время находилась столица Греции, был созван Архиерейский Собор, на членов которого со стороны правительства было оказано давление, направленное на принятие Собором решения об автокефалии. В результате этого собором было принято «Провозглашение о независимости Греческой Церкви». Этот документ иногда дословно повторял закон Баварской консистории от 1818 г. о разграничении полномочий государства и Церкви. Вслед за тем правительством были изданы два декрета: «О способе работы Синода» и «О временном разделении епархий Королевства». Все эти документы, и в первую очередь «Провозглашение», конечно, не имели канонической силы и устанавливали антиканоничное самопровозглашение автокефалии или, как ее еще иногда называют в Греции, «какокефалии» (то есть «злокефалии») Элладской Церкви.
Согласно «Провозглашению», во главе Церкви находился король. Управление же Церковью передавалось постоянному Синоду из пяти членов, назначаемых правительством. Примечательно, что Синод именовался «Священным Синодом Греческого Королевства». Только после издания Томоса об автокефалии (1850) Синод был переименован в «Священный Синод Греческой Церкви». В сопредседатели Синода вводился «королевский представитель», без визы которого ни одно решение Синода не имело силы. Государственная власть утверждала постановления Синода. Король своим распоряжением утверждал министерство церковных дел, которому Синод должен подчиняться. Епархиальные архиереи подчинялись Синоду, но назначались на кафедры и удалялись с них правительством, хотя и по предложению Синода. Во время богослужений Синод поминался после короля.
Незаконная автокефалия Элладской Церкви была инспирирована западноевропейскими государствами. В пользу этого существует ряд исторических свидетельств. Еще во время ее провозглашения многие греческие епископы и миряне выразили свое сомнение в том, может ли быть законной автокефалия, полученная без благословения Матери-Церкви. После провозглашения автокефалии недовольные действиями правительства открыто выступили с протестами.
Константинопольский престол также совершенно справедливо смотрел на провозглашение самостоятельности Элладской Церкви без его согласия как на дело антиканоническое. Но несмотря на неканоничность объявления этой автокефалии, Константинопольский Патриархат не предпринял практически никаких мер против самопровозгласившейся Элладской Церкви, как это случилось позже, например, с Болгарской Церковью. Константинополь просто молча игнорировал Элладскую Церковь. Причин столь мягкого отношения Константинополя к незаконному объявлению автокефалии Элладской Церкви можно назвать несколько. Одной из них были действия, предпринятые Россией по недопущению церковного кризиса на Балканах. Посланник России Гавриил Катакизис не смог предотвратить объявление автокефалии, но он провел ряд встреч с Константинопольским Патриархом Константином I (1830–1834), во время которых убедил его не прибегать к крайним мерам церковного прещения в отношении Элладской Церкви, потому что это было бы только на руку западным вдохновителям автокефалии, ибо привело бы к разделению православного населения Балкан и ослабило бы в целом позицию Православия в регионе.
С момента провозглашения автокефалии Элладская Церковь неоднократно пыталась нормализовать свои отношения с Константинополем и добиться от него признания своего статуса. Однако такая возможность представилась лишь в декабре 1849 г., когда Патриарху Константинопольскому Анфиму IV был вручен орден Спасителя — государственная награда Греции, а в мае 1850 г. греческое правительство направило ему официальное письмо с просьбой признать независимость Элладской Церкви и ее Синода.