В июне 1850 г. в Константинополе был созван собор, на котором кроме самого Патриарха Анфима присутствовало пять бывших Константинопольских Патриархов, Иерусалимский Патриарх Кирилл и 12 архиереев — членов патриаршего Синода. Собор издал Томос, который провозглашал автокефалию епархий Константинопольского престола, находящихся в Греции. Вместе с провозглашением автокефалии Элладской Церкви Томос содержал семь условий, на которых предоставлялась автокефалия. Согласно этим условиям, Элладская Церковь должна управляться «Священным Синодом Церкви Греции», действующим на постоянной основе и возглавляемым Афинским митрополитом. Подчеркивалось, что Синод должен управлять Церковью «согласно божественным и священным канонам, свободно и совершенно без всякого мирского вмешательства». Епархиальные архиереи должны поминать Синод, а глава Синода — «всякое православное епископство». Миро Элладская Церковь должна получать из Константинополя, равно как соотноситься с Константинополем в решении общих церковных вопросов.
Правительству теперь надлежало составить новое положение о церковном управлении в духе соборного постановления и согласно церковным канонам.
Но оно не изменило своего отношения к Церкви, так как считало прежние свои действия вполне законными. В 1852 г. был рассмотрен законопроект, который и вошел в действие. Он был составлен в духе закона 1833 г. — стеснял свободу действий членов Синода и ставил их в зависимость от гражданской власти. Но теперь членами Синода назначались лишь архиереи королевства, один из которых — митрополит Афинский — назначался, председателем. В том же году был обнародован закон о разделении королевства на 24 епархии, одна из которых — Афинская — была возведена в степень митрополии, девять — в степень архиепископий, а остальные — епископий. При епархиальных архиереях были учреждены епископские суды.
Правительственные реформы коснулись и элладских монастырей. В годы греческого восстания в Элладе насчитывалось 524 мужских и 18 женских монастырей. Они владели большим недвижимым имуществом, которое занимало почти четверть всей греческой территории. Общее число монахов было около 3000 человек. Правительство распорядилось закрыть все монастыри, имеющие меньше шести монахов. Имущество закрытых монастырей подлежало конфискации в пользу народного казначейства, учрежденного для улучшения церковных дел и народного образования. Монахи из них были перемещены в действующие монастыри. Неупраздненные монастыри должны были вносить ежегодно в казначейство 5 % от своего дохода. В результате Церковь лишилась 394 монастырей.
В 1866 г. к Элладской Церкви присоединилась паства Ионических островов. В конце XVIII в. эти острова у венецианцев отнял Наполеон. В 1799 г. они были объявлены самостоятельной республикой под покровительством русского императора и турецкого султана, причем господствующей религией было признано Православие. В начале XIX в. эти острова перешли к англичанам, которые согласились признать здесь господствующей Православную Церковь. Каждый из островов имел своего архиерея, который после избрания утверждался Константинопольским Патриархом. В 1864 г. острова были присоединены к Греции. В результате переговоров между Ионической, Элладской и Вселенской Церквами в июле 1866 г. паства Ионических островов присоединилась к Элладской Церкви. В 1881 г. по Берлинскому трактату 1878 г. к Греции были присоединены Фессалия и часть Эпира (Арта); девять местных епархий, после надлежащих сношений местного Синода с Константинопольским Патриархом, также вошли в состав Церкви Эллады.
В то время Элладская Православная Церковь имела 40 епархий: 1 митрополия — Афинская, 17 архиепископий и 22 епископий. В 1922 г. все епархиальные архиереи получили титул митрополитов.
10.1.4. Элладская Православная Церковь в XX в.
После Первой мировой войны началось движение со стороны греческого духовенства и епископата за достижение независимости от государственной власти. В Греческой Церкви всегда существовало сознание, что система управления, ей навязанная, антиканонична и чужда самой природе Церкви. После провозглашения автокефалии со стороны церковной иерархии неоднократно предпринимались попытки исправить существующее положение, однако они, как правило, имели лишь относительный успех. Такие попытки предпринимались, например, в 1868 г., затем в 1914, 1922 годах.