Еще одной проблемой церковной жизни в Элладе стала проблема «неон хорон» — новых земель или «северных территорий», бывших европейской провинцией Турции, присоединенных к Греции после Балканской войны 1912 г. В каноническом отношении епископы этих земель подчинялись Вселенскому престолу, но согласно Патриаршему Акту 1928 г. эти архиереи участвовали в работе Элладского Синода и были частью Греческой Церкви. В уставе Элладской Церкви 1969 г. положение о подчиненности этих епископов Патриарху было исключено. Это вызвало критику со стороны Вселенского Патриархата, который до сих пор принимает меры по возвращению этих епархий в свое каноническое ведение. В 1973 г., под давлением со стороны Патриарха, митрополиты «неон хорон» впервые получили равное представительство в Синоде вместе с иерархами «Старой Греции».
В 1977 г. был принят последний Устав Элладской Церкви, который следует считать наиболее соответствующим каноническим традициям Православной Церкви. Тем не менее, согласно и этому Уставу Элладская Церковь осталась синодальной, хотя при этом она получила такую независимость от государственного вмешательства, которой не имела никогда за всю свою историю.
Довести до логического конца процесс освобождения Элладской Церкви от наследия «баварского» правления и остатков синодальной системы взял на себя новоизбранный Афинский архиепископ Христодул. Взойдя на кафедру, в числе первых вопросов он поставил вопрос о том, чтобы во главе Церкви находился не Синод, а предстоятель. По-другому этот вопрос стал известен как вопрос «о первом», то есть, кого поминать за литургией на «В первых помяни, Господи». Пока в Греческой Церкви, «в первых» поминается Священный Синод.
Подобные попытки архиепископа вызвали резкое противодействие как государства, так и Константинопольского Патриархата. Государство увидело в этом стремление укрепить в обществе роль как архиепископа, так и Церкви в целом. Константинопольский же Патриарх усмотрел в этом серьезное ущемление своих прав на Греческую Церковь, так как при архиепископе, который является лишь главой Синода, именно Патриарха греки считают духовным главой Элладской Церкви.
В рамках намерений архиепископа иногда говорят о его далеко идущих планах добиться для Элладской Церкви статуса Патриархата. Нужно сказать, что такие планы вынашивались еще творцами греческой автокефалии. Тем не менее, сам архиепископ о вопросе статуса Патриархата для Элладской Церкви пока не говорил, и трудно сказать, существует ли он даже в его дальнейших планах.
В современной жизни Православной Церкви Греции одним из основных вопросов становится проблема зависимости церковной жизни от политической ситуации. С одной стороны, поддержка государства помогает решать важные проблемы в области материального обеспечения церковных проектов, образования, защиты от протестантского и католического прозелитизма. С другой стороны, вмешательство во внутрицерковные дела со стороны государства становится нестерпимым.
Отношения между государством и Церковью в Греции сложные. Правительство пытается изменить роль Православной Церкви в греческом обществе, отодвинув Церковь на периферию общественной жизни. Одна из целей нынешнего греческого правительства — создание секулярного общества, с минимальным присутствием в его жизни Церкви. В рамках этой политики следует рассматривать и возникший в недавнее время вопрос об удостоверениях личности, из которых правительство в одностороннем порядке, не посоветовавшись с Церковью, решило изъять пункт о религиозной принадлежности. За этим знаковым шагом, по мнению большинства экспертов, скрывается целая программа по медленному вытеснению Церкви из общества, превращению ее в своеобразное гетто. Именно этим попыткам противостала Греческая Церковь, когда начала борьбу за то, чтобы оставить в удостоверениях личности пункт о религиозной принадлежности. С этой целью Церковью было объявлено о начале собирания подписей за проведение референдума по данному вопросу. Результаты этой кампании показывают поддержку большинством греческого народа той борьбы, которую ведет Церковь. Примером давления государства на Церковь явилось и приглашение президентом в Грецию папы Римского в 2001 г.