Определенных успехов удалось достичь с восшествием в 1923 г. на Афинскую кафедру профессора церковной истории богословского факультета Афинского университета архимандрита Хризостома (Пападопулоса). Он получил высшее богословское образование на Афинском Богословском факультете, а также в Киевской и Петроградской Духовных Академиях, написал ряд ценных церковно-исторических трудов по истории Иерусалимской, Греческой, Александрийской, Антиохийской, Русской, Сербской и Румынской Церквей. Став Афинским архиепископом и главой Греческого Синода (до этого времени был Митрополит), он начал активно работать над тем, чтобы изменить существующий статус Элладской Церкви, привести его в соответствие с канонической традицией Православия. Этому способствовало то, что в том же году власть в Греции в результате военного переворота перешла к генералу Н. Пластирасу. 31 декабря 1923 г. был принят «Уставной закон Автокефальной Церкви Греции», который по сути стал ее новым уставом.
Этим уставом хотя и не отменялась синодальная система как таковая, тем не менее были значительно ограничены права представителя государства в Синоде. Изменился и сам Синод. Отныне он состоял не из узкой группы из пяти архиереев, назначаемых государством, а включал в себя всю церковную иерархию. Синод объявлялся «Церковным Началом в государстве», то есть, по сути, ставился во главе Элладской Церкви.
Между тем, с приходом к власти диктатора Ф. Панкалоса (Т. Пангалоса) эти положительные процессы были остановлены. Диктатор, несмотря на протесты со стороны иерархии, аннулировал те позитивные изменения в статусе Церкви, которые были достигнуты после 1923 г. В 1925 г. он издал закон, который учреждал Постоянный Синод из семи членов, во главе с архиепископом, который наделялся полномочиями, ранее принадлежавшими всей иерархии.
Тем не менее, активное противодействие иерархии имело свои положительные последствия, и в 1931, а затем в 1932 г.г. были изданы законы, которые возвращали многие положения закона 1923 г. и, в частности, передавали часть полномочий постоянного Синода полноте церковной иерархии.
В последующие годы пертурбации, имевшие место в политической жизни Греции, накладывали свой отпечаток на каноническое положение Элладской Церкви. Так, канонический статус Элладской Церкви претерпевал некоторые изменения в период диктатуры Метаксаса, в период гитлеровской оккупации, в период диктатуры 1967–1974 г.г.
В 1960 г. разразился церковно-государственный кризис из-за «метафетона» — принципа перемещаемости епископов с одной кафедры на другую, который был отменен по закону 1959 г. Следует отметить, что в течение последних ста лет в истории Элладской Церкви ни один епископ не сменил вверенной ему епархии. Только в 1932 г. в устав об иерархии было включено понятие «метафетон», но ненадолго. В 1959 г. по решению политических партий оно снова было изъято с целью положить конец отдельным злоупотреблениям некоторых иерархов, добивавшихся перевода из небольших и бедных епархий в богатые. В знак протеста против этого решения митрополиты решили не назначать новых епископов на освободившиеся места, и в 1960 г. состоялись последние выборы новых епископов. С тех пор образовалось 15 вакантных кафедр из 66 епархий, в их числе были и богатые епархии. Большинство епископата отстаивало право перевода, и конфликт продолжался вплоть до 1967 г., когда в Греции произошел военный переворот.
Новое правительство издало ряд законов по реорганизации внутреннего церковного управления в сторону его большего подчинения государственной власти. Архиепископ Хризостом (1962–1967) был вынужден уйти в отставку из-за возрастного ограничения (80 лет, ему в это время было 89 лет), на его место был избран при поддержке военных и президента Пападопулоса архиепископ Иероним (Коцонис, 1967–1973), видный канонист и богослов Афинского университета. Новый военный переворот 1973 г. привел к решению архиепископа Иеронима уйти на покой. Архиепископом Афинским стал Серафим (1973–1998), поддержавший генерала Гизикиса.
В 1975 г. была принята новая конституция Республики Греция, где декларировалось «отделение Церкви от государства», что на практике не привело к независимости внутрицерковного управления. В руках государства остались рычаги давления на Церковь, прежде всего финансовые. Так, в 1997 г. Синод Элладской Церкви протестовал против новой системы налогообложения, вводящей налог на церковное имущество.