Однако Франции было непросто закрепить изначальный успех. Жестокое разорение Ломбардии французскими войсками привело к восстанию местного населения, которое, впрочем, было жестко подавлено. Отчет Наполеона позволяет осознать крайнюю степень народного недовольства: «…Бунтующие толпы в Милане порвали флаг Франции и затоптали его ногами… 5 или 6 тысяч крестьян присоединились к восстанию в Павии». В качестве ответных мер Франция произвела массовые казни и аресты.
Наполеон продвинулся на 70 миль в сторону Вены, вынудив в 1797 году Австрию принять условия Леобенского договора. Австрия согласилась уступить Франции Милан в составе новой Циспаданской республики (государство-сателлит Французской республики), взамен получив регион Венето, при этом самой Венеции отходили Болонья, Феррара и Романья, которые были конфискованы Францией у папы ранее в том же году. Из большей части территорий Северной Италии Наполеон создал две республики – Циспаданскую и Лигурийскую, – при этом последняя почти совпадала с владениями Генуи. Столицей Циспаданской республики стал город Реджо-ди-Калабрия, а в качестве флага был избран небезызвестный триколор, впоследствии ставший национальным флагом Италии. После вхождения Ломбардии в состав республики она была переименована в Цизальпинскую республику. Данная модель ложной демократии впоследствии применялась в коммунистических государствах. Согласно принятой в 1797 году конституции, взрослое население мужского пола в целом было свободно, однако право голоса ограничивалось, при этом члены двух советов и главы республик назначались только Наполеоном.
Позднее, в 1797 году, согласно Кампо-Формийскому мирному договору, Австрия признала права Франции на Ионические острова и на Мантую. Австрия, в свою очередь, получала Венецию (которая отказалась от союза против Австрии), Венето, Далмацию и Истрию. Передача Австрии Венецианской республики положила конец ее исторической независимости, что вызвало порицание французов и особенно итальянских якобинцев (giacobini), увидевших в этом предательство революционных идеалов, которые, впрочем, неоднократно попирались в течение всей революции. На территории Италии Франция поощряла мародерство, «стратегическую» беспринципность, полномасштабную экспроприацию, равно как и захват папских владений в феврале 1798 года. В 1797 году папские солдаты осадили резиденцию французского посла в Риме: сами восставшие затем укрылись в ней. В последующей неразберихе был убит помощник посла, генерал Леонар Дюфо. Однако, учитывая тот факт, что Франция сама искала повод спровоцировать революционное восстание, ее политику вряд ли можно назвать образцовой. Захватив власть, Наполеон провозгласил становление Римской республики. Папа Пий VI отрекся от светской власти и был сослан в Сиену.
В 1798 году Фердинанд IV Неаполитанский (1759–1825), чья жена была сестрой королевы Франции, перешел на сторону антифранцузского лагеря. Силами своих войск он быстро отбил Рим, но в декабре этого же года французы оттеснили его в Неаполь, вынудив бежать в Палермо при помощи флота Горация Нельсона. Неаполь оказался на пути роялистов, наступающих французов, итальянских якобинцев и лаццарони (
На территории Неаполитанского королевства Франция основала Партенопейскую республику в качестве еще одного государства-сателлита. Однако в Неаполе и практически по всей территории Италии росло недовольство новым правительством, которое компрометировало себя связью с вездесущей французской оккупацией, дорого обходившейся стране. В Неаполе новая республика ввела республиканские и атеистические празднования наряду со свободой вероисповедания. Партенопейская республика отказывалась принимать тех, кто когда-либо служил королю, и при этом не могла справиться с нехваткой хлеба и дров. Также посодействовали ослаблению региона и французские войска, продвигающиеся на север.