Франция больше не насаждала республиканский строй. В 1806 году Наполеон вверил управление Неаполем своему брату Жозефу. В 1808 году Жозеф стал королем Испании, а бразды правления Неаполем перешли к самой младшей сестре Наполеона, Каролине, и Иоахиму Мюрату, его маршалу, главнокомандующему кавалерией и по совместительству мужу Каролины. Старшая из сестер, Элиза Бонапарт, стала княгиней Луккской в 1805 году и великой герцогиней Тосканской в 1809-м. Средняя сестра, Полина Бонапарт, получила титул герцогини Гвасталльской. Ее муж, князь Камилло Боргезе, стал генерал-губернатором французских департаментов на севере Италии.
Итальянцы в полной мере ощутили на себе стремление Наполеона к власти. Сделав себя президентом Итальянской республики (бывшая Цизальпинская республика) в 1802 году, в 1805 году он провозгласил себя королем Италии, назначив вице-королем своего пасынка, Эжена (Евгения) де Богарне. В этом же году Наполеон короновался в Миланском соборе, надев Железную корону Ломбардии. После победы над Австрией в 1806 году Наполеону отошли Венеция и Венето, в 1808 году – папские владения, а в 1810 – провинция Тренто. Он часто говорил о сохранении национального единства Италии в новом королевстве, но при этом аннексировал много территорий в пользу Франции, например фортификационные сооружения в 1801-м, Пьемонт в 1802-м, Геную и Парму в 1805 году. Лигурийская республика была разделена на монархическую и французскую части. Этрурия (Тоскана) была аннексирована в 1809 году. Истрия, Далмация, Триест и Фиуме в 1806 году перешли во владения Итальянского королевства, в 1809 году Иллирийские провинции стали частью территории Франции.
В 1810 году Франция аннексировала папские владения. Родившийся в 1811 году сын Наполеона был провозглашен королем Рима и наследником императорского престола. Папа Пий VII (1800–1823) был арестован и увезен во Францию, при этом многие члены духовенства, отказавшиеся присягнуть на верность короне, также были арестованы. В рамках доктрины отделения традиционного католицизма от государства закрывались и сносились мужские и женские монастыри, отменялись многие празднества и процессии. Для укрепления нового порядка использовались солдаты, однако эта мера оказалась излишней, поскольку любые попытки объединения пресекались жесткой политикой Наполеона на корню, а общество жило в постоянном страхе.
Наполеон, последний раз посетивший Италию в 1807 году, также приложил руку к культурному мародерству, начатому французскими революционерами. Многие картины и скульптуры были вывезены во Францию, в особенности пострадали Рим и северные регионы Италии, в том числе Венеция. Некоторые из вывезенных объектов культурного наследия до сих пор можно увидеть во многих французских музеях. Более того, Италия была вынуждена предоставлять солдат для французской армии, многие из которых погибли на войне 1812 года.
Несмотря на поражение в этой войне, во время переговоров с Австрией в 1813–1814 годах Наполеон отказался передать ей власть над Итальянским королевством в обмен на разрешение свободно править Францией. Потерпев поражение, в 1814 году он был сослан на Эльбу. В 1815 году Наполеон вернулся во Францию и предпринял попытку захватить власть при поддержке Мюрата, однако оба они потерпели крах.