В результате под началом кардинала Фабрицио Диониджи Руффо было организовано сопротивление против роялистов. В январе 1799 года кардинал сформировал народное антиреспубликанское движение санфедизм (Santa Fede, «Святая вера»), в феврале высадился в Калабрии и выступил в сторону Неаполя. Параллельно с этим 32-тысячная русско-турецкая армия с экспедиционными войсками в количестве 40 человек захватила Корфу и прибыла на Адриатическое побережье Италии. Армия высадилась в Нижней Апулии, захватив города Таранто и Фоджа на севере и Авеллино, Ариано-Ирпино и Нолу на западе. В это же время Неаполю угрожали англо-сицилийские войска. 15 апреля 1799 года 500 сицилийско-неаполитанских роялистов вместе с британскими войсками высадились с британских кораблей, захватив город Кастелламаре-ди-Стабия. Вторая группа англо-сицилийских войск высадилась в Салерно, к югу от Неаполя (где в 1943 году высадились войска союзников), и подошла вплотную к городу, захватив по мере продвижения Виетри, Каву, Цитару, Пагани и Ночеру. Несмотря на то что французские войска храбро сражались с захватчиками, последовавший в мае захват островов Искьи и Прочиды завершил блокаду Неаполя, и 13 июня город был захвачен.
Во время восстания
Предвзятый подход к прошлому учит многому. Так, интервенция 1943 года не считается чем-то дурным, поскольку англо-американские войска поддерживали «правильные» стороны. И наоборот, русско-британская (а не французская) интервенция 1799 года рассматривается как «дурная», поскольку
В 1799 году в Неаполе была восстановлена монархия. Антифранцузские восстания вспыхивали и в других регионах, например в Пьемонте и Тоскане. Объединенные войска в 1799 году с помощью морской блокады Генуи британским флотом освободили некоторые территории от французских войск.
Однако в 1800 году Наполеон вернулся и наголову разбил австрийцев в битве при Маренго. В 1801 году Австрия и Франция заключили Люневильский мирный договор. Пьемонт и Ломбардия оставались под контролем Франции, Австрия сохраняла за собой Венецию и Венето. Тоскана была передана герцогу Пармскому в качестве компенсации Испании, отдавшей Франции Луизиану. Наполеон аннексировал Эльбу и Пьемонт в 1801 и 1802 годах соответственно.
В 1805 году Южная Италия вновь оказалась театром военных действий в Войне Третьей коалиции. Французы заняли часть Неаполитанского королевства, однако уже в ноябре 1805 года их вытеснили англо-русские войска. Они планировали защитить королевство, но население не оказывало им поддержки. Более того, события этого года оказали сильное влияние на дальнейшие события. Британский флот рассчитывал разбить объединенные силы Испании и Франции и освободить Неаполь, но Наполеон разбил Австрию и Россию при Аустерлице (на территории современной Чешской республики), тем самым парализовав новый режим в Южной Италии. Россия и Англия выводили свои войска, пока король Фердинанд пытался успокоить гнев Наполеона. Со всех сторон Италии приходилось отвечать на угрозы более могущественных врагов.
В 1806 году настоящим полем боя стала Калабрия. Крестьяне повсеместно выступали против войск и правительства. Французским войскам удалось подавить итальянский консерватизм в Калабрии путем жесткого насаждения нового порядка с помощью 48 000 солдат и карательных летучих бригад. Британцы, служившие в Италии в то время, отмечали, что Франция «была слишком жестока» по отношению к «вооруженному населению», у которого «не было оружия и боеприпасов в достаточном количестве».
Британская военная интервенция в Калабрию в 1806 году не смогла остановить боевые действия. Король Фердинанд бежал на Сицилию под защиту английского флота и гарнизона. Командующий английскими войсками лорд Уильям Бентинк установил на Сицилии британский конституционализм. Последовав примеру Фердинанда, Виктор Эммануил I (пр. 1802–1821) нашел пристанище на Сардинии.