Контрразведывательная деятельность Посольского и Разрядного приказов по обеспечению внешней и внутренней, в том числе, экономической безопасности страны способствовала укреплению государственной власти.
Однако служба контрразведки и разведки оставалась слабой. Поэтому в 1654 году царь Алексей Михайлович учредил Приказ тайных дел. Подьячие Приказа тайных дел посылались вместе с послами за границу для сбора интересующей политической, военной и экономической информации.
В ведении приказа находились наблюдение за подозрительными лицами и иностранцами, рассмотрение писем и доносов на имя царя, организация охраны, в том числе тайной. Учреждение Приказа тайных дел стало одной из важных вех на пути формирования разведки и контрразведки, как профессиональной государственной службы.
Дотошность в делах, свойственная Алексею Михайловичу, нежелание царя воспринимать проблемы челобитных на слух, или тем более передоверять решение по ним приказу, привело к практике составления для царя специальных докладных списков, в которых между конспективным изложением разных челобитных оставляли промежутки для царской резолюции.
Важным решением царя Алексея Михайловича в области приказной системы, позволившим проводить личную царскую инициативу в особо тайных делах в обход приказной волокиты, стало создание Приказа Тайных дел.
Приказ тайных дел был создан существовал на правах личной канцелярии царя Алексея Михайловича. Осуществлял контроль за деятельностью остальных приказов и находился в непосредственном ведении царя, не подчиняясь Боярской думе.
Проводил следствия по важным политическим делам, контролировал деятельность всех правительственных органов. После смерти Алексея Михайловича наряду со Счётным приказом прекратил своё существование.
Кроме того, этот приказ позволил Алексею Михайловичу действовать и в обход Боярской думы, о чем Котошихин писал: «И устроен тот приказ при нынешнем царе для того, чтоб его царская мысль и дела исполнялись все по его хотению, а бояре б и думные люди о том ни о чем не ведали».
Тайный приказ принципиально отличался от всякого другого приказа, поскольку руководился лично царем. В помещении приказа стоял специальный стол, предназначенный для работы царя.
Подобной практики до царя Алексея Михайловича никогда не существовало. Приказ зависел от царя как на общеприказном уровне, так и на уровне каждого отдельного служащего.
Царь всячески стремился провести мысль о том, что каждый подьячий приказа живет за счет его государевой милости. Алексей Михайлович контролировал даже вопросы определения жалования каждого служившего в Тайном приказе.
Сохранилась «Роспись о жалованьи подьячим приказа Тайных дел», относящаяся к 1659 году с собственноручными пометками царя, в которой он определял в какой форме — деньгами или товарами, и в каком объеме дать жалование тем или иным лицам.
Тайный приказ почти не имел своей инициативы. По каждому вопросу требовалась резолюция царя. Исключением, да и то не абсолютным были дела, которые приказ вел постоянно: выплата жалованья против окладов, совершение торговых операций, распоряжения по хозяйству Гранатного, Аптекарского, Потешного дворов, Сафьянового завода, ведение рыбным и насадным промыслами.
Даже в этих областях самостоятельность приказа в любой момент могла натолкнуться на вмешательство царя. В документах приказа можно встретить свидетельство тому, что в марте 1675 года Алексей Михайлович устроил серьезную проверку деятельности Гранатного, Аптекарского и Потешного дворов, для чего потребовал от служащих Тайного приказа предоставить ему росписи всего, что хранилось на этих дворах.
Царские собственноручные пометки в текстах предоставленных росписей свидетельствуют о том, что Алексей Михайлович работал с этими документами.
Образование Тайного приказа являлось созданием специального бюрократического штата, при помощи которого царь не только мог реализовывать в максимально быстрые сроки свою личную инициативу, но и эффективно контролировать деятельность всей остальной приказной системы.
Приказ мог затребовать в любом другом ведомстве для проверки или для проведения по своей линии любое дело. Чаще всего дела в Тайный приказ попадали после того, как были доложены на заседании царя с Боярской думой начальниками того или иного ведомства.
В тот период, когда был создан Тайный приказ, у населения и ряда должностных лиц проснулась надежда, что этот государственный орган, ставший проводником личной инициативы царя и состоявший из штата доверенных ему лиц, одновременно с этим станет и инстанцией, через которую напрямую можно будет связаться с государем.
Между тем высшая власть не приветствовала такое обращение. Челобитчики вятчане, пытавшиеся подать челобитную непосредственно в Тайный приказ, были по государеву указу посажены в тюрьму.
В другом случае, при обострении ситуации в Пскове и несостоятельности приказа Новгородской чети решить дела по челобитьям, сюда адресованным, Ордин-Нащокин был вынужден просить царя в обход установленного порядка принять эти челобитные в Тайном приказе и разрешить там.