При этом Ордин-Нащокин, чувствуя свою вину за нарушение установленной системы, просил: «Своего царского величества праведного гневу на меня, холопа своего, не вели положить, что челобитья с памятями и со статьями не в Новгородскую четь, но в приказ Тайных дел послана».
Объяснение этим фактам можно найти в стремлении царя придать Тайному приказу роль контролирующего органа над остальными приказами, но не роль инстанции полностью подменившей всю остальную приказную систему.
Последнее направление деятельности Тайного приказа могло оказаться тупиковым, поскольку не учитывало потребность государства в расширяющейся и мощной бюрократической системе.
В силу этого требовалось четко ограничить круг вопросов, решавшихся Тайным приказом, избавить это ведомство от перегруженности рядом разрозненных или несущественных проблем. Решить эту задачу можно было способом, при котором круг деятельности приказа строго определялся его главой, то есть царем.
К середине 60-х годов XVII века Алексей Михайлович все более стал ощущать тот факт, что Тайный приказ, в силу ограниченности возможности реального охвата определенного круга проблем одним ведомством приказного уровня, стал не справляться с тем количеством дел, которое накопилось в приказе. Требовалась реформа.
Тогда царь перешел к политике назначения в важнейшие приказы особо доверенных лиц, и в том числе тех, кто прошел школу Тайного приказа.
С 1664 года в приказе действовал Башмаков, получивший широкие полномочия, продолжавший получать жалование через Тайный приказ как в 1664 году, так и позднее, оставшись лицом, непосредственно подчиненным царю.
После этого Башмаков был назначен Алексеем Михайловичем в Посольский приказ и к 1674 году стал челобитным дьяком. Аналогичное Башмакову положение занимал в Оружейной палате, позже в Большом дворце, а затем в Стрелецком приказе Ларион Иванов.
Будучи поставленными в важнейшие приказы, перечисленные лица получали в дополнение к функциям, свойственным им по должности, еще и функции своеобразных тайных дьяков этих учреждений, то есть особо доверенных осведомителей и проводников идей царя.
Официально широко об этом не говорилось до тех пор, пока 23 мая 1675 года не был издан царский указ, повелевавший ведать «тайные дела приказу думным дьяком: Челобитенного приказу Дементию Башмакову, да Стрелецкого приказу Ларивону Иванову, да тайных дел дьяку Ивану Левонтьеву сыну Полянскому, прозвище Данилу. Да ему думному дьяку Ларивону Иванову приказано приказные всякие дела по именному великого государя указу ведать да с ним дьяку челобитного приказу».
Этим указом было официально оформлено ранее существовавшее учреждение, занимавшееся как делами, ранее относившимися к компетенции Тайного приказа, так и делами, санкционированными именными царскими указами.
Таким образом, приказная система стала одной из важнейших сфер реализации личной инициативы царя Алексея Михайловича, областью, в рамках которой произошло существенное расширение функций и роли царя как государственного деятеля.
Одним из существенных недостатков реформ в этой области явилась, пожалуй, излишняя зависимость нового приказного механизма от личности и деятельности царя.
В силу этого Тайный приказ не смог пережить своего основателя. Между тем, сам по себе этот факт еще раз подчеркивает важность и объем личной царской роли в функционировании преобразовывавшейся приказной машины.
Приказная политика Федора Алексеевича значительно отличалась по своим методам от политики его отца. В целом Федор не был склонен пользоваться теми структурами и принципами, которые достались ему от предыдущего царствования. Он пересмотрел внешнюю политику России, критически подошел и к приказной модели, созданной Алексеем Михайловичем.
С 1726 года при Петре I действовала Тайная канцелярия, образованная из Преображенского приказа, которая вела дело царевича Алексея и его окружения, выступавших против реформ Петра I. Она же занималась политическим сыском, но называлась уже Тайная канцелярия розыскных дел.
Во время существования Московского государства не было еще единого ведомства, которое бы занималось разведкой и контрразведкой, но произошло главное — они стали важной постоянной функцией государства, приобрели систематический и целенаправленный характер и превратились в важный инструмент защиты национальных интересов, в том числе экономических.
Перед отправкой дипломатических миссий Посольский приказ подробно разрабатывал поручения, возложенные на главу миссии — в том числе и разведывательного характера.
Так, в 1557 году послу Замыцкому, отправлявшегося к королю Свеев — Швеции предписывалось следующее: «Да будучи Ивану у короля разведати про то гораздо: как Густав король с Датским королем и с Литовским королем и маистром — магистром Ливонским, в миру ли с теми и с иными государи порубежными, и с которыми государи о чем ссылка, и что, Бог даст, проведает, и то, приехав сказати царю и великому князю».