В восточной части Ферганы весной 1920 г. действовали басмаческие отряды, объединенные Курширматом, которые стали называться «Армией ислама». К середине лета 1920 г. Курширмат объединил до 6,5 тыс. повстанцев. Всего в Фергане действовало до 30 тыс. басмачей, которые перешли к наступательным действиям на широком фронте в районах Андижана, Оша, Коканда, Намангана[326]
. Во второй половине 1920 г. отряды Курширмата и его помощника Муэтдин-бека потерпели ряд поражений и перешли к тактике налетов, сочетая их с диверсиями: поджогом посевов, складов, уничтожением железнодорожных путей и террором. С басмачами вели борьбу 3-я Туркестанская кавалерийская дивизия и другие части. К апрелю 1921 г. основные крупные отряды басмачей были разгромлены, началась массовая сдача в плен. Летом 1921 г. Курширмат и Муэтдин-бек вступили в переговоры с советским командованием. Осенью 1921 г. после ряда поражений Курширмат бежал в Афганистан, передав командование остатками Муэтдин-беку. В начале 1921 г. многие крупные отряды басмачей в Фергане были разгромлены. В феврале – октябре 1922 г. в Фергане было ликвидировано 119 отрядов из 200, общей численностью 4 тыс. человек.В Туркмении в 1918 г. Джунаид-хан объединил под своей властью несколько туркменских племен. С 1600 всадниками он вторгся на территорию Хивинского ханства, захватил Хиву и взял власть в свои руки, превратив хивинского хана в марионетку. Во второй половине 1918 г. Джунаид-хан развернул наступление на Советский Туркестан. Лишь во второй половине 1919 – начале 1920 г. он был разбит Красной армией и отступил в пески Каракумов. Хива была провозглашена Хорезмской народной советской республикой. Но уже в октябре 1920 г., собрав новые силы, Джунаид-хан предпринял новое наступление. Весной 1921 г. он снова был разгромлен и отступил в пустыню. В дальнейшем Джунаид-хан довел численность своих отрядов до 9 тыс. человек. Трудная и упорная борьба Советской власти с басмачами в Туркмении продолжалась на протяжении 1921—1922 гг. и в последующие годы.
В Самаркандской области базой басмаческого движения являлось Матчинское бекство: мусульманские повстанцы и духовенство провозгласили в ноябре 1918 независимость бекства. В Бухарском эмирате повстанческие соединения стали формироваться при поддержке эмирских властей в 1919 г. Общее руководство осуществлял Ибрагим-бек, опиравшийся на локайские племена Исан-ходжи и Бадра-оглы. После падения бухарского эмирата в сентябре 1920 г. басмаческое движение возглавили муллы, беки, вожди племен. Основные отряды объединил Ибрагим-бек. К концу февраля 1921 г. советским войскам удалось вытеснить басмачей за пределы государственной границы.
Укреплению Советской власти в Туркестане способствовало национально-государственное строительство на всей территории Центральной Азии. В этом ряду следует назвать создание национальных республик: ликвидация Хивинского ханства и образование Хорезмской народной советской республики в апреле 1920 г., создание Бухарской народной советской республики в октябре 1920 г. На соседних к Туркестану территориях (Уральская, Акмолинская, Тургайская и Семипалатинская области, часть Астраханской, Оренбургской губерний и Закаспийской области) в августе 1920 г. оформилась новая автономная советская республика – Киргизская АССР со столицей в Оренбурге (с 1925 г. – Казахская АССР). Советское национально-государственное строительство в рамках РСФСР, а также заключение РСФСР союзных договоров и создание военно-политического союза с Хорезмской и Бухарской советскими республиками свидетельствовало об укреплении Советского государства в отдаленных регионах Советской России, создавало плацдарм для борьбы с басмаческим движением.
В конце 1921 г. басмачей Восточной Бухары возглавил Энвер-паша, бывший военный министр Турции. В июне-июле 1922 г. бухарская группа советских войск и бухарская Красная Армия нанесли басмачам поражение, в начале августа основные силы Энвер-паши были разбиты, а сам он убит.
В числе организаторов борьба Советского государства с басмачеством были М. В. Фрунзе, В. В. Куйбышев, Я. Э. Рудзутак, Г. К. Орджоникидзе, В. И. Шорин, А. И. Корк, М. К. Левандовский, К. А. Авксентьевский, Ф. И. Голощекин и др. Войска Туркестанского фронта, которому были подчинены все вооруженные силы ТСР, вступили в Среднюю Азию в январе 1920 г., что значительно изменило ситуацию в регионе. Наряду с военными действиями в борьбе с басмачеством использовалась также система политических и социально-экономических мероприятий, проводившихся Советским государством. Особое значение имела земельно-водная реформа в 1921—1922 гг. в Туркестане.