В 1918 г. основным центром басмачества стала Фергана. Отряд Иргаша (Эргаша) являлся вооруженной силой «Кокандской автономии». Летом 1918 г. усилился Мадамин-бек. В Фергане в 1918—1919 гг. действовало до 40 басмаческих отрядов, которые возглавляли
Следует отметить, что организация Крестьянской армии параллельно с Красной Армией происходила вопреки мнению ряда партийных и советских работников Ферганы, командования Ферганского фронта, предлагавших Совету народных комиссаров Туркестанской СР еще в октябре 1918 г. провести на общих основаниях частичную мобилизацию в Красную Армию крестьян русских поселков Ферганской области. Считается, что санкционировал организацию Крестьянской армии военный комиссар Туркестанской Советской республики К. П. Осипов (впоследствии организатор антисоветского мятежа в Ташкенте в 1919 г. – т. н. Осиповского мятежа) в период его пребывания в Фергане. В структуре Крестьянской армии отсутствовали политические органы, партийные ячейки. На первых порах она подчинялась командованию Ферганского фронта, получала от СНК Туркестанской СР деньги, снаряжение, оружие и боеприпасы. Между тем руководители Крестьянской армии требовали сохранения беспартийности и внутренней самостоятельности армии.
15 марта 1919 г. руководство Ферганского фронта, опасаясь политической неблагонадежности штаба Крестьянской армии, предприняло попытку упразднить штаб Крестьянской армии, а саму армию подчинить оперативному штабу Андижанского уезда. Но штаб Крестьянской армии отказался подчиниться. Конфликт с Советской властью обострился. К причинам, побудившим русское крестьянство Ферганы разорвать отношения с Советами, следует отнести просчеты советских органов в организации национальной политики. В данной ситуации один из лидеров ферганских басмачей Мадамин-бек предпринял усилия, чтобы переманить руководство Крестьянской армии на свою сторону. Он не только запретил своим отрядам нападать на русские селения, но и сам повел наступление на отряды курбаши Хал-Ходжи, виновного в массовых расправах над русскими жителями. В июне 1919 г. командующий Крестьянской армией Константин Монстров заключил с Мадамин-беком соглашение о взаимном ненападении. Советское командование Ферганским фронтом, которому стало известно о переговорах, дважды пыталось разоружить Крестьянскую армию, отправив в Джалал-Абад (центр Крестьянской армии) несколько красных отрядов, в том числе кавалерийский отряд туркмен, но обе попытки закончились неудачно.