Прежде всего православные общества в западных областях Украины и Белоруссии были выведены из-под юрисдикции Польской автокефальной церкви. «Самостоятельность» этой церкви не признавал ни патриарх Московский и всея России Тихон (Беллавин), ни патриарший местоблюститель митрополит Крутицкий Петр (Полянский). Митрополиту Московскому Сергию Страгородскому юрисдикционный вопрос удалось разрешить почти безболезненно, так как абсолютное большинство православного населения новых территорий признавало себя неотъемлемой частью Русской церкви. Соответствующие прошения о присоединении к Московскому патриархату подписали и подали большинство архиереев. В октябре 1940 г. митрополит Сергий (Страгородский) своим указом на базе западных епархий Украины и Белоруссии образует Западный экзархат. Экзархом и главой Волынско-Луцкой епархии с центром в Луцке назначается архиепископ Николай (Ярушевич)[276]. В марте 1941 г. он возводится в сан митрополита, в июле становится митрополитом Киевским и Галицким, экзархом Украины.
Сложнее ситуация была в Прибалтике. Действовавшие здесь православные епархии после революции 1917 г. кто раньше, кто позже заявили о своей церковной самостоятельности. Оказавшись на советской территории, они должны были определить свое отношение к Московской патриархии, т. е. перейти в ее юрисдикцию. Теоретически они могли этого и не делать, но на практике, в существовавших в СССР политико-правовых условиях, такое было невозможно.
По немногим из дошедших до нас писем митрополита Сергия (Страгородского) мы можем представить его точку зрения на церковные проблемы на данных территориях, к примеру, в письмах епископу Александру (Толстопятову) от 21 мая 1940 г. и 17 января 1941 г. соответственно:
В 1940 г. митрополит Сергий предложил митрополиту Эстонскому Александру (Паулусу) и митрополиту Латвийскому Августину (Петерсону) вернуться в Московскую патриархию. После переговоров духовенство и приходы перешли в юрисдикцию Московского патриархата. На Таллинской кафедре правящим архиереем остался архиепископ Александр (Паулус), который дал клятву верности Московской патриархии.
В Литву в начале 1941 г. вместо скончавшегося митрополита Виленского Елевферия (Богоявленского) был направлен архиепископ Дмитровский Сергий (Воскресенский), с возведением в сан митрополита и с назначением главой учрежденного в марте 1941 г. Прибалтийского экзархата.
Однако очень скоро на «новые советские территории» во все более широком масштабе стал привноситься уже имевшийся опыт «урегулирования» отношений с религиозными организациями: ликвидировались религиозные партии и церковно-общественные объединения; закрывались философско-теологические факультеты в государственных учебных учреждениях, монастыри, храмы, церковные типографии и магазины религиозной литературы; национализировалась собственность религиозных обществ; депортировалась часть духовенства. В качестве оправдания этим и другим подобным мерам использовался тезис о том, что среди духовенства и церковного актива особенно много тех, кто борется с советской властью и выступает за возвращение старых порядков.