Карпов смолк. Подавленно молчал и патриарх. Многих он знал лично, и теперь трагическое известие ставило точку в судьбе многих, кто бесследно исчез в мрачные 1930-е гг.
Обо всех своих встречах с патриархом председатель Совета докладывал, как правило, заместителю председателя СНК СССР В. М. Молотову, а в некоторых случаях, по подсказке последнего, писал официальные рапорты на имя Сталина. Получая письменные или устные распоряжения от этих руководителей, Карпов и выстраивал свою линию поведения. Карпову пришлось действовать в непростых обстоятельствах, поскольку в партийных сферах к «возрождению» Церкви относились весьма недоброжелательно. В архивах сохранилось немало «сигналов» тех, кто не одобрял «линии Совета» на нормализацию отношений с церковью и хотел бы возвращения к былым временам, к твердости, решительности и «наступательности» по отношению к «попам». Председателю приходилось лавировать, скрывая свои действия от «любопытствующих» под грифом «секретно» или «для служебного пользования». История распорядилась так, что лишь в самом конце 1980-х гг. стала возможной публикация этих интереснейших документов.
С осени 1943 г. начинается возрождение и монастырской жизни. На тот момент в СССР действовало более 30 монастырей, в большинстве своем открытых в период оккупации. Во всех монастырях насчитывалось более 3 тысяч монашествующих. В дни религиозных праздников монастыри посещало огромное количество паломников. Почти все монастыри вели свое хозяйство: земледелие, ремесла, различные промыслы. Московская патриархия ходатайствовала перед правительством не препятствовать их деятельности. Такой же позиции придерживался и Совет, и ему удалось на тот момент отстоять статус-кво: деятельности монастырей не препятствовали; за ними сохранялись жилые и служебные помещения, земли, скот, сельскохозяйственный инвентарь и подсобные мастерские.
Активизируется в 1943–1944 гг. издательская деятельность Русской церкви. Выпускались настольные и настенные календари, молитвенники, богослужебная литература. К изданной в 1942 г. книге «Правда о религии в России» добавилась новая – «Русская православная церковь и Великая Отечественная война» (1943).