Через месяц путем покаяния последовали другие обновленческие архиереи: митрополит Корнилий (Попов), архиепископ Андрей (Румянцев), епископ Сергий (Ларин) – всего около 40 обновленческих архиереев. Покаяние рядового духовенства совершалось келейно – в алтаре храма. Епархии, особо «пораженные обновленчеством», принимались в состав Патриаршей церкви специально назначаемыми патриархией епископами, которые выносили окончательное решение после их тщательной «ревизии». Спустя некоторое время по стране прокатилась волна ликвидации обновленческих общин, возвращения духовенства и верующих в Патриаршую церковь.
Докладная записка Г. Г. Карпова И. В. Сталину об Обновленческой церкви
12 октября 1943
[ГА РФ. Ф. Р-6991. Оп. 1. Д. 3. Л. 7–8]
По мере возрождения церкви Сергий стремился к тому, чтобы каждый храм имел священника. Большие надежды при этом возлагались на духовные учебные заведения, управление которыми должен был взять на себя Учебный комитет во главе с митрополитом Ленинградским Григорием (Чуковым) в составе Н. Ф. Колчицкого и профессора С. В. Савинского. Комитет, понимая, что в короткое время ему не удастся найти достаточное количество преподавателей, просил разрешения на въезд в СССР нескольких профессоров-богословов из-за рубежа, речь шла даже о бывшем протопресвитере военного духовенства Г. Шавельском, но, в конечном итоге, эта просьба не нашла поддержки. Уже в конце октября 1943 г. были разработаны основные документы, относящиеся к деятельности богословского института и богословско-пастырских курсов в Москве. Церковь первоначально надеялась, что под нужды школ будут возвращены здания бывших духовных учебных заведений: в Харитоньевском переулке, на улице Ордынка или на территории бывшего Новодевичьего монастыря. В основу программ богословских школ были положены соответствующие программы дореволюционных академий и семинарий.
В ноябре 1943 г. патриарх специально для обсуждения «образовательных программ» приехал в Совет.