В состав флотилии входили: плавучая база «Бромми» (Brommy) и катера-тральщики R-25, R-26, R-27, R-28, R-29, R-30, R-31, R-32, R-74, R-77, R-78, R-79, R-80, R-81, R-82, R-84, R-86, R-113, R-114, R-116, R-125, R-129, R-169.
Командиры: капитан 3-го ранга фон Камптц (11.1938—1.1941); капитан 3-го ранга Ганс Йон (2.1941—6.1941); капитан 3-го ранга Брёкельманн (6.1941—11.1942); капитан 3-го ранга Пинкепанк (12.1942—8.1944).
В состав флотилии входили: плавучая база «Фон дер Грёбен» (Von der Groeben) и катера-тральщики R-33, R-34, R-35, R-36, R-37, R-38, R-39, R-40, R-163, R-164, R-165, R-166, R-196, R-197, R-203, R-204, R-205, R-206, R-207, R-208, R-209, R-216, R-248.
Командиры: капитан-лейтенант Хейдель (5.1939—11.1940); капитан-лейтенант Бирр (11.1940—12.1940); капитан-лейтенант Рейшауер (1.1941—8.1941); капитан-лейтенант Россов (8.1941—10.1941); обер-лейтенант Халледт-Хольцапфель (10.1941—11.1941); капитан 3-го ранга Хёльцеркопф (11.1941—4.1943); капитан-лейтенант Классманн (4.1943—8.1944).
В состав флотилии входили: плавучие базы «Фон дер Грёбен» (Von der Groeben) и «Королева Луиза» (Königin Luise), противолодочный корабль KUJ-2, а также катера-тральщики R-41, R-42, R-43, R-44, R-45, R-46, R-47, R-48, R-49, R-50, R-51, R-52, R-80, R-83, R-115, R-120, R-126, R-128, R-138, R-143, R-150, R-218, R-240, R-243, R-244, R-245, R-255, R-262, R-274, R-275, R-290, R-291.
Командиры: капитан 3-го ранга Хаген Кюстер (4.1940—7.1940); капитан 3-го ранга Хольст (7.1940—8.1942); капитан 3-го ранга Хомейер (9.1942—3.1943); капитан-лейтенант Анхальт (5.1943—5.1945).
В состав флотилии входили: плавучая база «Эльба» (Elbe) и катера-тральщики R-1, R-3, R-4, R-5, R-6, R-7, R-8, R-9, R-10, R-11, R-12, R-13, R-53, R-54, R-55, R-56, R-57, R-58, R-59, R-60, R-61, R-62, R-63, R-64, R-89, R-90, R-113, R-121, R-122, R-124, R-238, R-250, R-265, R-269, R-273.
Командиры: капитан-лейтенант Гемейн (8.1939—6.1940); капитан-лейтенант Добберштейн (6.1940—2.1943); капитан-лейтенант Клееман (3.1943—2.1945); капитан-лейтенант Ганс Алекси (2.1945—5.1945).
Первоначально в состав флотилии входили катера-тральщики R-1, R-3, R-4, R-6, R-7, R-8, R-9, R-10, R-11, R-12, R-13, R-14, R-15, R-16, R-115, R-187. Затем на Средиземноморье состав флотилии был следующим – RA-10, RD-116, RD-117, RD-118, RD-119, RD-120, RD-121, RD-122, RD-127, RD-128, RD-129, RD-130, RD-131.
Командиры: капитан-лейтенант Россов (8.1941); капитан-лейтенант Рейшауер (8.1941—6.1943); капитан-лейтенант Клемм (7.1943—4.1945).
В состав флотилии входили: плавучая база «Везер» (Weser) и катера-тральщики R-151, R-152, R-153, R-154, R-155, R-156, R-157, R-158, R-159, R-160, R-161, R-173, R-202, R-223, R-262, R-277.
Командиры: капитан 3-го ранга фон Фёрстер (10.1940—11.1942); капитан 3-го ранга фон Квюднов (11.1942—5.1944); капитан-лейтенант Хойзер (5.1944—5.1945).