Что дальше? А. Е. Голованов не заблуждался, хорошо зная по опыту «новейшей истории», что жизненный путь государственных и военных деятелей такого масштаба, к которому принадлежал и он, в подобных ситуациях проходит через Лубянку (здание МВД, КГБ СССР на Лубянской площади в Москве, где была внутренняя тюрьма).
Он исчез с горизонта, найдя убежище на Икше, где была его дача. В Москве Александр Евгеньевич не появлялся, даже за денежным окладом не приезжал. Работал на огородных грядках, как заправский мужик. Накоплений никаких, а у него четыре дочери и сын.
Но однажды, спустя почти год, Сталин как бы между прочим спросил Василевского, нового министра Вооружённых сил: «А где Голованов?» Василевский, почувствовав в вопросе положительный заряд, тут же нашёлся и доложил, что А. Е. Голованов планирует проходить учёбу в Академии Генерального штаба. Сталин к такому решению отнёсся одобрительно.
Когда на дачу привезли чуть ли не мешок денег годового оклада, Голованов понял: сошло!
В мае 1949 года Александр Евгеньевич был зачислен на Высшие академические курсы. Учился блестяще, а завершив учёбу, подал рапорт с просьбой принять его сразу на второй курс… общевойскового факультета академии. Случай был уникальный – типично головановский. Однажды Александр Евгеньевич по одному из предметов получил четвёрку. Как ни убеждали его сокурсники и профессора не делать из этого трагедии, он настоял на своём и добился переэкзаменовки – первой и единственной за всю историю академии! На этот раз был собран целый консилиум – строптивца нужно было хорошенько проучить и посадить на место, но вышло всё не так: консилиум развёл руками и выставил заветную пятёрку.
В декабре 1950 года Главный маршал авиации А. Е. Голованов, целый год изумлявший сухопутных командармов-сокурсников и академических профессоров своей всесторонней развитостью и блеском оперативного мышления, окончил академию с золотой медалью и дипломом с отличием.
За период с 26 ноября 1948 по декабрь 1950 года на слушателя 2-го основного курса Высшей ордена Суворова I степени военной академии им. К. Е. Ворошилова Главного маршала авиации Голованова А. Е. 30 ноября 1950 г.
Главный маршал авиации Голованов Александр Евгеньевич в академию прибыл с должности командующего Дальней авиацией ВС СССР.
Общее и политическое развитие хорошее.
До поступления в академию т. Голованов систематизированного военного образования не имел. Несмотря на это обстоятельство, благодаря исключительной способности, большому трудолюбию, усидчивости и настойчивости в работе, проявленным т. Головановым за время учёбы в академии, учебный материал программы академического курса изучен им и усвоен весьма успешно.
Тов. Голованов изучил и твёрдо усвоил тактико-технические свойства родов войск, отлично сдал все экзамены по этому разделу учебной программы и умело использовал эти знания при решении тактических и оперативных задач.
Теоретический курс тактики высших соединений изучил и усвоил отлично.
При решении тактических задач т. Голованов приобрёл твёрдые навыки в правильной и всесторонней оценке обстановки и в принятии грамотных и обоснованных решений на общевойсковой бой. Природу современного общевойскового боя изучил и взаимодействие родов войск в общевойсковом бою организовать может. При изложении своих решений несколько многословен.
Все задачи по тактике высших соединений в объёме боя стрелкового корпуса отработал с хорошими и отличными оценками.
Теоретический курс оперативного искусства изучил и усвоил отлично. При отработке оперативных задач в обстановке ориентируется быстро, грамотно и обоснованно делает из неё выводы. Решения принимает соответственно обстановке. Излагает их как устно, так и письменно последовательно и логично. В реализации принятых им решений весьма настойчив. Методы планирования операции изучил твёрдо. Приобрёл за время учёбы достаточные навыки в области графики и штабной культуры.
ВЫВОД: может быть использован на руководящей работе в авиации или в системе ПВО страны.