Поздно утром в воскресенье 7 октября 1827 года, чуть больше года после похищения, трое мужчин, идя по берегу озера Онтарио, наткнулись на труп, лежащий лицом в землю. После опубликования отчета коронера поднялась тревога: у мертвого был необычный двойной ряд передних зубов, как раз как у Моргана. Да и ростом он был примерно метр семьдесят пять, и возраста от сорока пяти до пятидесяти лет. Друзья узнали Моргана в почерневшем опухшем теле по шишке на его лысеющем лбу и по густым седым волосам в ушах. Жена Моргана Люсинда также подтвердила, что это был ее супруг. Коронеры пришли к выводу, что подобное могла сотворить только «рука высшего Провидения». Толпы людей из окрестных городов и деревень собрались в Батавии, чтобы почтить Моргана: у антимасонского движения появился железобетонный повод действовать более решительно, а Уильям Морган получил статус мученика.
Впрочем, это все-таки был не Морган. Через несколько дней тело пришлось выкапывать: пришло известие о канадце, который недавно пропал без вести на реке Ниагара. Новое вскрытие сомнений не оставило, ведь у канадца тоже был двойной ряд зубов, а одежда, в которую он был одет перед отправлением, соответствовала одежде на трупе.
Тайна Моргана так никогда и не разрешится. Судебные разбирательства в той или иной форме шли до 1831 года. Всего их было восемнадцать, а также два специальных расследования, назначенные канцелярией губернатора. Только самые проворные из журналистов или наиболее одержимые из участников кампании успевали следить за сложной политико-правовой траекторией этого дела. При этом предубеждения, сформировавшиеся с самого начала, никто поколебать уже не мог. Между тем страну наводнили те, кого один журналист назвал масонами-шарлатанами. Они пытались подзаработать, устраивая непристойные представления якобы масонских ритуалов.
Одно судебное разбирательство оказалось достаточно громким, чтобы пролить новый свет на влияние масонов на судебный процесс и подлить масла в огонь общественного возмущения. Много подозрений было вокруг шерифов в округах, непосредственно связанных с делом Моргана, поскольку все они были масонами. Одна из обязанностей шерифа состояла в том, чтобы выбирать присяжных для предварительного расследования возможного преступления. Есть веские доказательства того, что суд присяжных по делу Моргана почти полностью состоял из братьев-масонов. Самым громким стал судебный процесс над шерифом округа Ниагара Эли Брюсом. Главным свидетелем был тот самый честолюбивый молодой констебль Хайрам Хопкинс. Перед заседанием суда по уголовным делам Онтарио в июне 1827 года Хопкинс признался, что по указанию Брюса он выбрал в суд присяжных масонов.
Шерифа Брюса, которого многие масоны, посетившие его во время судебного разбирательства, чествовали как невиновную жертву, в конце концов приговорили к двум годам и четырем месяцам тюремного заключения. Губернатор освободил его от занимаемой должности.
Все осужденные за похищение Моргана или наиболее серьезно подозреваемые в причастности были масонами. Тем не менее представители масонских лож отказались признавать свою причастность, усилив тем самым наихудшие подозрения. В июне 1827 года Великая ложа Нью-Йорка передала шерифу Брюсу 100 долларов как компенсацию за преследования со стороны антимасонов. В июне следующего года Великая ложа снова собралась, и многие ожидали, что наконец что-то будет объявлено по делу Моргана. Но ничего подобного не произошло.
Зачастую в число самых ярых антимасонов входили бывшие масоны. Многие из них решили покинуть ложу в знак протеста против скандала с Морганом, и так распускались целые ложи. В феврале 1828 года в графстве Дженеси состоялся съезд так называемых «уходящих масонов». Они осудили претензии масонства на нравственное превосходство, одобрили разоблачение масонских тайн и присоединились к антимасонскому движению.
В течение 1827–1828 годов антимасонство превратилось из местечкового «крестового похода» в политическое движение, которое охватило многие штаты. Создавались специальные газеты. Среди антимасонов считалось, что работавшие редакторами масоны были частью заговора: масштаб дела Моргана преуменьшался. Было решено создать беспристрастную и независимую антимасонскую прессу. К концу 1827 года в штате Нью-Йорк насчитывалось двадцать две такие газеты. Позже их появится еще больше.