В вечер так называемого восхождения на ступень Королевской арки он уже собирался покинуть собрание, но неожиданно ему по секрету сообщили, что назревает проблема. Брат Уильям Морган из соседней Батавии разочаровался в масонстве и собирался опубликовать грандиозное разоблачение ложи. Позже Хопкинс заявил, что слышал, как его братья-масоны размышляли о способах «убрать Моргана с дороги». Хопкинс разделял гнев по поводу предательства Моргана и признавался: «Я сам думал, что он заслуживает смерти».
Ситуация, в которой оказался Хопкинс, стала началом самого печально известного масонского заговора в американской истории.
Уильям Морган, родившийся примерно во время принятия Декларации независимости, был кочующим с места на место разнорабочим и пропойцей. Масоном же он стал, похоже, чтобы выпрашивать деньги у более состоятельных братьев. В 1825 году ему удалось стать масоном королевской арки в городке Лерой в пятнадцати километрах к востоку от его дома. Однако в Батавии его за своего считать не захотели, и когда в начале 1826 года они создали новое общество Королевской арки, его исключили. Возмущенный Морган поклялся отомстить. Вместе со своим собутыльником — печатником по имени Дэвид К. Миллер, у которого деньги тоже надолго не задерживались, Морган решил обнародовать все тайны масонства. В начале лета 1826 года эти двое объявили о своих планах.
Не медлили и масоны. Предупреждения другим братьям печатались в местных газетах: «Морган — мошенник и очень опасный человек». Они обратились к предателю лично и, как им показалось, запугали его, заставив отдать им изобличительную рукопись. Но вскоре выяснилось, что он отдал им только черновик и что публикация все-таки должна состояться.
Масонам пришлось действовать активнее. Братья, работавшие в правоохранительных органах, привлекли Моргана и Миллера к ответственности за небольшие долги. Пока Морган находился под стражей, его дом подвергся обыску (без ордера). Толпа масонов издалека, из Буффало и даже из Канады, собралась, чтобы совершить налет на типографию Миллера. Однако им пришлось разойтись, поскольку выяснилось, что Миллер, бывший солдат, приготовил «два вертлюга, пятнадцать или двадцать ружей и несколько пистолетов» для самообороны. Вскоре после этого в типографии был учинен ночной поджог. Однако крики Миллера о помощи привлекли внимание, и пламя было своевременно потушено.
На следующий день в понедельник 11 сентября 1826 года настала очередь Моргана: по ордеру, выданному соседним округом, он был арестован за кражу рубашки и галстука. Уверенный в том, что сможет доказать, что одолжил эту одежду, Морган вместе со своими пленителями отправился в городок Канандайгуа в семидесяти километрах к востоку от своего дома в Батавии. Когда он приехал, обвинения против него изменились, и его посадили в тюрьму за долг в размере двух долларов.
На следующий вечер двое мужчин прибыли, чтобы отпустить его, утверждая, что они расплатились с его долгом. Морган что-то заподозрил, но согласился пойти с ними. Спустя несколько минут, прямо возле тюрьмы, раздались его крики: «Помогите! Убивают!» Двое незнакомцев заталкивали его в экипаж.
В отдаленных частях штата Нью-Йорк, куда руки централизованной власти не доходили, граждане могли делиться своими опасениями в специальных «комитетах бдительности», создаваемых на публичных собраниях. Именно так появилось слово «вигилант» (vigilante), то есть вершитель самосуда. 25 сентября в Батавии появился первый такой комитет по расследованию исчезновения Моргана. Его члены допросили множество подозреваемых и свидетелей. Они пришли к выводу, что от тюрьмы в Канандайгуа его повезли к берегу реки Дженеси. Затем его повезли на запад до Ниагары. В различных точках этого маршрута лошади, водитель и даже экипаж менялись, что свидетельствовало о вовлеченности большого количества людей. Куда его повезли потом, установить было трудно.
Вскоре поисками Моргана занимались уже пять «комитетов бдительности». Масоны конечно же оказались под пристальным вниманием. Все знали, кто осуществил нападение на типографию Дэвида Миллера. Многие масоны не скрывали своей ненависти к Моргану: некоторые с удовольствием говорили корреспондентам газет, что он получил по заслугам. Моргана все еще не удавалось найти, и с каждым днем все больше людей склонялось к тому, что масоны от него избавились. Население становилось все озлобленнее. Братьям пришлось реагировать, и они обвинили комитеты бдительности в антимасонских предрассудках. Разве не очевидно, что Морган и Миллер сами организовали исчезновение, чтобы привлечь внимание к своей книге? Мнения разделились. Зима уже сменила осень, и исчезновение Моргана стало повсеместно известно как «дело Моргана».