Тиран Алессандро был убит кузеном Лоренцино Пополано де Медичи, по прозвищу «плохой Лоренцино». Убийца Алессандро предстает фигурой не менее удивительной, чем сам Алессандро. Во Флоренции за ним закрепилась слава сводника и льстеца, но одновременно его называли «философом». Прекрасно образованный, пишущий стихи, разбиравшийся в искусстве, именно этот человек был избран судьбой в качестве орудия правосудия. История сохранила несколько версий, пытающихся объяснить поступок Лоренцино. Одни исследователи склонны считать, что Лоренцино не получил наследства по вине Алессандро, другие же утверждают, что Алессандро домогался физической близости с сестрой Лоренцино, красавицей Лодомией. Но, понимая честолюбие Лоренцино, в котором тоже текла кровь Медичи, можно предположить, что он просто решил сыграть роль Брута, убившего тирана. Убийца проводил много времени со своей жертвой. Вместе они читали стихи, обсуждали труды великих философов.
Алессандро Медичи не подозревал, как легко он попал в сети, расставленные кузеном. Считается, что Лоренцино заманил Медичи в дом письмом, написанным от лица юной красавицы, а там его ждал, притаившись в комнате, наемный убийца Скоронконколо. День, выбранный для убийства, совпал по времени с праздником в честь святого Епифания, аналогичным празднику Крещения. В доме, выбранном для свидания, Алессандро ждал накрытый стол, горели свечи, в бокалах мерцало вино. Лоренцино предложил герцогу немного отдохнуть перед приходом красавицы. Здесь, в теплой и уютной постели, предназначенной для любви и наслаждений, герцога настигла смерть: убийца вонзил ему в грудь шпагу. Считается, что герцог умер не сразу. Он отчаянно сопротивлялся, но у него не было шанса выжить. Мертвое тело тирана осталось лежать на постели, залитой кровью, а его убийцы уже бежали из Флоренции. По другой версии, тело Алессандро Медичи завернули в ковер и вынесли из дворца, чтобы тайно закопать на кладбище. После совершенного убийства Лоренцино бежал в Венецию, где он заявил, что убил Медичи ради республики. Но ему никто не поверил, и спустя несколько месяцев он был убит в Венеции.
Алессандро Медичи стал одним из двух представителей династии Медичи, удостоенных чести быть похороненным в знаменитой гробнице Медичи работы Микеланджело.
Смерть Алессандро Медичи подвела черту в длинном списке наследников Козимо Медичи Старшего. Все последующие правители Флоренции, имевшие весьма отдаленные родственные отношения с кланом Медичи, использовали имя знаменитого семейства для укрепления своей собственной власти.
Младшая ветвь Медичи
После смерти прямого потомка Медичи власть оказалась в руках Козимо I (1537–1574), дальнего потомка по линии брата Козимо Старшего, Лоренцо. Честолюбивый тиран, Козимо I мечтал стать абсолютным монархом. Для этого ему необходимо было создать из Тосканы единое государство. Используя силу и власть, он с помощью собственного флота завоевал Сиену. Получив титул великого герцога, Козимо I короновался папой Пием V в Риме.
Не являясь потомком Медичи по прямой линии, Козимо I оказывал покровительство и поддержку сохранившимся членам клана Медичи, подчеркивая свою связь со знаменитым семейством. В дополнение к активной внешнеполитической деятельности Козимо I постоянно выступал в роли мецената. Благодаря его денежным средствам был отреставрирован знаменитый университет в Пизе.
Несмотря на дальнее родство, Козимо I страдал подагрой — болезнью, которая мучила многих представителей семейства Медичи. Однако проведенные современные исследования, как ни странно, опровергают причину смерти Козимо от подагры. Ученые обнаружили, что Козимо I страдал тяжелейшей формой артрита, более известной науке под названием «болезнь Форестье».
После смерти Козимо I власть перешла к Франческо Медичи (1541–1587), который уже не обладал ни сильным характером отца, ни его честолюбием. Полностью подчиняясь своей властной и умной жене Бьянке Капелло в вопросах финансов и политики, Франческо оказался верен традициям, заложенным первыми Медичи. Именно благодаря его участию была открыта Академия
В 2007 г. итальянские ученые обнародовали результаты исследований захоронений Медичи, в том числе и захоронения великого герцога Тосканского Франческо I и его жены Бьянки Каппелло. Ранее было принято считать, что смерть супругов произошла одновременно в октябре 1587 г. Перед смертью супруги мучились страшными болями в области кишечника, после их смерти по Флоренции поползли слухи об отравлении. Несмотря на возникшие слухи, официально считалось, что супруги умерли от малярии. Однако проведенные исследования полностью опровергли эту версию.