Один из яростных противников Медичи Сильвестро Альдобрандини предложил постричь маленькую Екатерину, сделав ее монахиней. Девочку повезли в доминиканский монастырь Святой Лючии. Видя смиренное спокойствие ребенка, возмущенные монахини доминиканского монастыря Святой Лючии отказали прибывшим с девочкой спутникам в осквернении имени Господа, полагая, что ребенка ждет смерть. Драматичность момента была усилена словами ребенка, ставшими полной неожиданностью для враждующих сторон. Екатерина со смирением и кротостью сказала, обращаясь к пришедшим с ней мужчинам, что она готова стать монахиней, отказавшись добровольно от мирской жизни, чтобы быть рядом с этими благородными женщинами. Унаследовав утонченную мудрость Медичи, Екатерина сохранила жизнь, сумев пробудить в ожесточенных сердцах восставших чувство уважения.
После капитуляции Флоренции девочка два года провела при дворе папы Климента VII, приходившегося ей дедом, получив возможность прикоснуться к мировым сокровищам, хранившимся в библиотеке Ватикана. Повзрослев, Екатерина сумела подавить в себе желание отомстить обидчикам. Она простила Сильвестро Альдобрандини, впоследствии приложив немало усилий, чтобы его сын стал новым папой римским под именем Климента VIII. Став королевой Франции, Екатерина поддерживала монастырь Святой Лючии, ставший на время ее обителью спасения.
В 11 лет Екатерина уже была самой знаменитой невестой Европы. Невысокого роста, с пленительными чертами выразительного лица, обладавшая миниатюрными стройными ножками, девочка стала козырной картой в политической колоде Европы. В 13 лет Екатерина была обручена с отпрыском французского короля Франциска I — Генрихом, герцогом Орлеанским. Спустя год в Марселе было положено начало свадебным мероприятиям, продолжавшимся более месяца. Юная невеста напоминала своим обликом прекрасных мадонн Рафаэля, в то время как лицо новобрачного было мрачно и угрюмо. Генрих был безвольным и слабохарактерным юношей, которого пугала почти библейская внешность новобрачной.
Роскошь и богатство свадебных торжеств не могли смягчить атмосферу недоброжелательности, которая искусственно создавалась вокруг юной невесты. В глазах французской аристократии этот брак был мезальянсом, участниками которого была юная итальянская торговка, чей род, впрочем, мог похвастаться родством с Ватиканом, и молодой аристократ, достойный наследник французской короны.
Екатерине Медичи хватило здравого смысла не становиться участницей дворцовых интриг, предоставив эту роль двум женщинам — официальной любовнице собственного мужа Диане де Пуатье, которая была старше его на 20 лет, и любовнице короля Франциска I Анне д’Эстамп. Обаятельная итальянка прикладывала все усилия для того, чтобы быть как можно ближе к королю Франциску, разделяя вместе с ним прелести охоты или поездки по стране, несмотря на физическую близость новобрачных в первые дни торжеств, на чем настаивал осторожный и расчетливый папа Климент VII. Документальные письменные источники, содержащие рассказы о свадебных мероприятиях, сохранили любопытный факт, согласно которому во время первой брачной ночи в качестве наблюдателя присутствовал король Франции Франциск I. После скоропостижной смерти короля Франциска I новым королем Франции становится принц крови Генрих, герцог Орлеанский, а новой королевой Франции — Екатерина Медичи.
Стремительное продвижение Екатерины к власти было омрачено лишь одним обстоятельством — отсутствием наследника на протяжении длительного периода. Бесплодный брак с королем должен был закончиться неминуемым разводом. Не исключено, что помощь в лечении бесплодия оказал королеве знаменитый целитель и предсказатель Мишель Нострадамус. Лечение бесплодия было столь успешно, что Екатерина на протяжении десяти последующих лет рожала каждый год нового королевского отпрыска. В 1544 г. Екатерина рожает первенца — сына Франциска. Вслед за первой беременностью последовало еще девять. Трое детей Екатерины Медичи умерли в младенчестве. Королева родила еще Елизавету, Клод, Карла, Генриха, Маргариту. Во время последней беременности, в 1556 г., Екатерина едва не рассталась с жизнью. Одна из двойняшек, которых вынашивала Екатерина, умерла в утробе матери, и лишь вмешательство врачей, сломавших ножки умершему в утробе младенцу, помогло извлечь труп ребенка, пролежавшего рядом со второй девочкой-двойняшкой в течение шести часов. Впрочем, родившаяся девочка умерла спустя шесть недель. Опасаясь за здоровье королевы, врачи рекомендовали Генриху, любившему всех своих детей и даже присутствовавшему лично при их рождении, избегать близости с супругой. С этого момента Генрих перестал посещать покои Екатерины, предаваясь любовным утехам в объятиях своей любовницы Дианы де Пуатье.