Жизнь этой невероятной женщины оборвалась в возрасте 69 лет. Согласно легенде, в молодости Екатерине было предсказано остерегаться Сен-Жермена. Веря в предсказания, Екатерина Медичи фанатично избегала замок Сен-Жермен и его окрестности. 4 января 1589 г. к постели задыхающейся от нестерпимого кашля Екатерины подошел врач. На вопрос, заданный больной, как его имя, в ответ прозвучали странные слова «Сен-Жермен». Через несколько часов королева умерла. Смерть подстерегла дочь Лоренцо II 5 января 1589 г. в местечке Блуа. Когда тело королевы остыло, придворные лекари приступили к его осмотру, после которого стало ясно, что вполне вероятной причиной ее смерти был гнойный плеврит, поразивший организм несчастной. Современники Екатерины, склонные искать в смерти королевы-матери более потаенный смысл, чем банальная простуда, считали, что ее скорая смерть была вызвана поступками, совершенными ее любимым сыном Генрихом III Валуа.
Неожиданная смерть королевы на фоне политических безумств заставила ее сторонников тайно похоронить королеву-мать в Блуа, а в дальнейшем тело королевы было перезахоронено в парижском аббатстве Сен-Дени в часовне, строительством которой королева так трепетно занималась при жизни.
Здесь можно было бы и прервать рассказ о дочери Лоренцо Медичи, если бы история Франции XVIII в. не была столь трагически похожа на русскую историю XX в. В 1793 г. тело королевы из рода Медичи было вновь потревожено, на сей раз разгоряченной революционно настроенной толпой простолюдинов, даже после смерти ненавидящих своих господ. Останки Екатерины Медичи вместе с оскверненными останками французских королей были брошены в общую яму, ставшую трагической братской могилой королям и королевам Франции.
Но Екатерина Медичи уже не могла ничего сделать. Она была мертва. Точно так же, как, к своему великому несчастью, она уже не смогла предотвратить или остановить смерть любимого сына — последнего французского короля из рода Валуа Генриха III. Ровно через восемь месяцев после погребения королевы-матери любимый сын Екатерины Генрих III был безжалостно заколот кинжалом монаха-фанатика Жака Клемана. Словно предчувствуя надвигающуюся трагедию матери, переживавшей смерть своих детей, 11 июня 1584 г. Екатерина оставила запись, в которой она признает смерть своих детей за желание Бога заставить ее, Екатерину, повиноваться его воле. Днем раньше в Нидерландах от истощения умер младший из ее сыновей, герцог Алансонский и Анжуйский Эркюль Франсуа де Валуа, прозванный английской королевой Елизаветой «лягушонком Екатерины Медичи» за уродливую внешность. Младший сын Екатерины боролся за власть и трон Франции, но его соперником был родной брат Генрих Валуа. Стремясь завладеть троном, Франсуа вел бездарные военные кампании, ненавидя брата и желая его смерти. После одной из таких кампаний, завершившихся полным крахом, Екатерина написала в письме к сыну, что она бы желала, чтобы он, ее сын, умер еще в юности и не стал причиной смерти такого огромного числа мужественных и благородных людей.
Расплачиваясь по счетам с судьбой, позволившей Екатерине Медичи превратиться из маленькой девочки-сиротки из Флоренции, не испытавшей родительской любви и ласки, в самую жестокую королеву, которую когда-либо знал французский престол, летом 1584 г. Екатерина оплакивала вместе с сыном династию Валуа и мечты сохранить для нее престол Франции. Средний сын Екатерины Генрих Валуа был бесплоден, и, по древним Салическим законам франков, наследником французского престола становился гугенот Генрих Бурбон, король Наваррский, имевший здоровое потомство.
Словно испытывая прочность Екатерины, судьба не дала ей возможность обрести любовь и понимание дочери, которую она называла «мое несчастье». Это была Маргарита де Валуа, жена Генриха Наваррского. Красавица, прекрасно образованная, в юности получившая возможность изучать древние языки, историю, философию, она была живым воплощением идеалов представителей клана Медичи, для которых образование было капиталом, ценившимся наравне с золотом. Прекрасное образование и яркая внешность не помешали Маргарите войти в европейскую историю в образе распущенной и порочной женщины. Маргарите, рано познавшей прелести любовных утех, приписываются многочисленные любовные романы. Злые языки говорили о физической близости одиннадцатилетней Маргариты сразу с двумя мужчинами. Не достигнув шестнадцатилетнего возраста, юная красавица одновременно называла себя возлюбленной Карла Валуа, Генриха Валуа и Франсуа Валуа, приходившимися ей родными братьями.