Внеочередные заседания Совета созываются по инициативе не менее двух государств-членов и с согласия министров иностранных дел других государств. Соответствующее предложение одновременно направляется в форме личных писем министров иностранных дел этих государств в адрес Председателя СМИД не позднее, чем за месяц до срока проведения заседания с указанием причины, предлагаемой даты и места проведения, а также повестки дня и проекта решения (или другого документа). Председатель СМИД в течение двух дней уведомляет Секретариат ШОС, который во взаимодействии с СНК осуществляет необходимое согласование и подготовку заседания.
В соответствии с решениями Совета глав государств и Совета глав правительств (премьер-министров) руководители отраслевых министерств и/ или ведомств государств – членов на регулярной основе проводят совещания для рассмотрения конкретных вопросов развития взаимодействия.
Совет собирается на заседания не реже трех раз в год. Председательствование в Совете осуществляет национальный координатор государства-члена Организации, на территории которого будет проводиться очередное заседание Совета глав государств. Председатель Совета национальных координаторов назначается по поручению председателя Совета министров иностранных дел принимающего государства.
Основные ее задачи и функции, принципы формирования и финансирования, а также порядок деятельности регулируются отдельным международным договором, заключаемым между государствами-членами, и другими необходимыми документами, принимаемыми ими.
Секретариат изучает и обобщает поступившие от государств-членов предложения и материалы к повестке дня заседаний и/или совещаний органов ШОС, на их основе готовит предложения Совету национальных координаторов о предварительной повестке дня, сроках и месте проведения заседаний и/или совещаний органов ШОС. По согласованию с Советом национальных координаторов Секретариат рассылает государствам-членам предварительную повестку дня предстоящих заседаний или совещаний органов ШОС и поступившие от государств-членов предложения о включении в нее дополнительных пунктов, проекты документов, вносимых на рассмотрение органами ШОС, справочные и другие материалы.
Секретариат организует консультации с представителями государств-членов по проектам документов, представляемых для рассмотрения на заседаниях и совещаниях органов ШОС, осуществляет их организационнотехническое обеспечение, обеспечивает направление государствам-членам заверенных копий документов, принятых органами ШОС.
Кроме того, Секретариат разрабатывает проекты планов работы органов ШОС и представляет их на утверждение Совета национальных координаторов, запрашивает у государств-членов информационно-справочные и другие необходимые материалы, создает банк данных по вопросам, являющимся предметом ведения Организации, и обеспечивает этой информацией государства-члены.
На Секретариат возложено протокольное обеспечение деятельности органов ШОС и Исполнительного секретаря. Он готовит предложения по финансированию деятельности Организации и Секретариата, представляет доклады о бюджете и исполнении бюджета, осуществляет текущий контроль за поступлением взносов, исполнением бюджета, а также расходованием средств, предназначенных на содержание Секретариата.
Секретариат поддерживает рабочие связи с другими международными организациями и государствами по вопросам, касающимся деятельности Организации, осуществляет набор сотрудников в целях обеспечения функционирования Секретариата, по согласованию с государствами-членами организует научные симпозиумы и конференции.