17 августа две стороны сошлись в напряженной битве у стен Престона. Пехота обеих армий сражалась упорно, но в конце концов атака шотландцев была отбита, они потеряли 1000 человек. Кромвель пустился преследовать остатки шотландской армии и в итоге заставил их, потрепанных и разобщенных, сложить оружие. В этом сражении он впервые осуществлял общее командование, то есть для него это была самая знаменательная победа.
Все уцелевшие на юго-востоке роялисты бежали за стены Колчестера. Там в середине июня сэр Томас Ферфакс изготовился взять их в длительную осаду. Она стала самым отвратительным и постыдным событием всей гражданской войны. Ферфакс решил заставить город сдаться голодом, он держал осаду, пока не наступило время, когда городские обитатели, съев всех собак и кошек, были вынуждены глотать мыло и свечи. Сообщалось, что роялистские солдаты предлагали горожанам есть детей. Тогда командир роялистов граф Норидж выпустил из города 500 женщин и детей, но Ферфакс отказался принять их и угрозами вернул всех обратно за городские стены. В конце августа подавленные, как говорили, «капитаном
В победе у Престона Кромвель снова увидал длань Божью. Он верил, что выполняет работу, предначертанную ему Господом; и именно потому ждал, что Промысел Божий направит его действия и укажет путь вперед. Он ощущал себя слепым кротом, ищущим благодати Божией. Временами его окружала тьма, но вера в Провидение была для него спасением. Кромвель писал другу и коллеге Филипу Уортону: «Мое сердце смеется и поет, когда я говорю об этих вещах».
Сражение у Престона фактически ознаменовало завершение Второй гражданской войны – и беспорядка, разорявшего королевство с того момента, как король впервые поднял штандарт шесть лет назад. Считается, что в ходе этого конфликта погибло 100 000 военнослужащих и мирных граждан, в процентном отношении население страны сократилось больше, чем в результате Первой мировой войны 1914–1918 годов. По этой причине гражданскую войну справедливо называют самой кровопролитной войной в английской истории. Значительный ущерб понесли сто пятьдесят городов и пятьдесят деревень; было разрушено 10 000 домов.
В течение Второй гражданской войны Карл несколько раз пытался бежать из Кэрисбрука. Он не оставлял попыток устроить заговор и разрабатывал уловки, дабы обмануть тюремщиков. Король, например, прятал зашифрованные записки в каблуках обуви своих слуг. Какие-то сторонники ухитрились передать ему напильник и запас азотной кислоты – тогда ее называли
Тем не менее после окончательной победы парламент по-прежнему хотел договориться с королем, не принимая во внимание позиции армии, чьи лидеры уже осудили его как «кровопийцу», фактически спровоцировавшего Вторую гражданскую войну. Большинство членов и палаты лордов, и палаты общин вместе с огромной частью населения страны теперь мечтали о мире любой ценой. По этой причине короля освободили из заключения в замке и поселили с друзьями и слугами в городе Ньюпорт, куда явились представители парламента. Карл в окружении советников сидел под королевским балдахином, парламентская делегация расположилась напротив него.
Карл находился в более податливом расположении духа, вне всякого сомнения, потому, что победа Армии нового образца положила реальный конец его сопротивлению. Он хотел договориться с парламентом на том серьезном основании, что боялся армии значительно сильнее, чем парламента. Таким образом, в течение нескольких дней король согласился на тридцать восемь парламентских условий, взамен делегация приняла четыре предложения Карла. Король в значительной степени уступил религиозным требованиям парламентариев и отказался от контроля над милицией на двадцать лет. Нет сомнений, что парламентские переговорщики понимали, что он может отречься от этих обещаний, если когда-либо восстановит полную власть.