Одновременно, по мере проведения учета ценностей в храмах, становилось очевидным, что предположения об их количестве явно завышены. Во-первых, в годы Первой мировой и Гражданской войн многое из хранившегося в культовых зданиях оказалось утраченным, в том числе и вывезенным за рубеж бежавшими белыми или интервенционистскими частями. Во-вторых, набирал ускорение стихийный процесс сокрытия духовенством и верующими наиболее ценной церковной утвари. В-третьих, верующие отвергали сам принудительный характер изъятия, и было ясно, что в наиболее богатых церквах полное изъятие могло быть проведено только насильственным путем.
Возникал вопрос: как быть? Отступить, довольствуясь добровольными пожертвованиями? Искать компромисс с религиозными центрами? Или… пойти на крайние меры, не останавливаясь и перед военно-административным насилием? Колебались все: и «наверху» — члены Политбюро и Президиума ВЦИК, Совнаркома и ЦК Помгола, и «внизу» — партсовработники и актив в губерниях, городах и районах. Обстоятельства неопределенности и растерянности заставили Политбюро приостановить активные действия по изъятию и вынести вопрос на назначенный на конец марта 1922 г. XI партсъезд.
Лев Троцкий выступил против какого-либо замедления темпов изъятия. Он буквально атакует членов Политбюро предложениями по активизации изъятия ценностей, попутно обвиняя при этом всех и вся в медлительности, излишней уступчивости «церковникам». Он выражает недовольство действиями Президиума ВЦИК и ЦК Помгола, которые, по его мнению, «запутали» дело изъятия, взяв на себя слишком много полномочий, мешая деятельности его «комиссии по драгоценностям». И сам декрет об изъятии, который и принят-то был под его нажимом, вдруг называет актом неподготовленным, непродуманным, «холостым выстрелом, предупредившим попов о необходимости серьезной подготовки к отпору».
Троцкий считал необходимым поставить деятельность ВЦИК по изъятию церковных ценностей в зависимость от решений его комиссии. Отметим, что ему это в целом удалось и Комиссию Помгол он рассматривал как инструмент своей политики в религиозном вопросе. В «совершенно секретном» письме членам Политбюро от 17 марта Троцкий формулирует свои 17 тезисов плана проведения кампании по изъятию ценностей. В них предусматривались бурные агитация и манифестации на местах за изъятие; внесение раскола в православное духовенство и поддержка той его части, что выступала за безусловное выполнение постановления ВЦИК; постоянные наблюдение и контроль и, при необходимости, арест лиц, противящихся изъятию; применение военной силы и полное изъятие в кратчайшие сроки, несмотря ни на что. В письме не упоминается имя патриарха Тихона, но общие «установки» относительно православного духовенства — вести слежку, предупреждать об ответственности и временно «не трогать», обличать «бесчеловечность» и жадность «князей церкви» — касались и патриарха. Кроме того, план Троцкого предусматривал наряду с секретными комиссиями и организацию официальных комитетов помощи голодающим, которые могли бы вести переговоры с верующими, принимать передаваемые ценности, разрешать возникающие спорные вопросы, привлекать в качестве экспертов представителей духовенства и т. п.
В качестве первоочередных «жертв» изъятия рассматривались наиболее богатые городские храмы, прежде всего те из них, где служили «лояльные попы». Предварительным условием выдвигались такие меры, как активная пропаганда и агитация среди населения с подключением к ним представителей голодающих губерний, сосредоточение вокруг храмов частей особого назначения (ЧОН), коммунистов и сочувствующих. Всю кампанию намечалось начать не позже 31 марта; рекомендовалось провести ее в кратчайший срок.
Жесткость позиции Троцкого объяснялась, с одной стороны, его представлениями о необходимости твердой политики при проведении изъятия ценностей, а с другой, тем, что он увязывал эту кампанию с активизацией борьбы с православной («тихоновской») церковью и поддержкой нарождающегося в ее недрах обновленческого движения. Для Троцкого последнее постепенно выдвигалось на первостепенное место.
Обладая реальной политической властью, Троцкий методично и настойчиво проводил в жизнь свой план. События в Шуе Иваново-Вознесенской области, где 15 марта имели место стихийные волнения при изъятии ценностей из церквей, подавались им в письмах к членам Политбюро, в первую очередь к Ленину, как пример, подтверждающий «контрреволюционность» церкви, и как основание в пользу наступательности и решительности при проведении кампании по всей стране.